Изначально это была домовая церковь при богадельне для неимущих престарелых мужчин и женщин из числа православных граждан купеческого и ремесленного сословия. Построена в 1896 году.
Небольшая кирпичная церковь в виде базилики с декором в романском стиле. Пристроена с юга к зданию богадельни, построенной на средства купца В. С. Зипалова, освящена в 1896.Закрыта в 1929. В 2002 освящена как часовня, приписана к Лазаревской церкви.
После смерти мецената богадельню содержала его вдова Гликерия Никитична, а затем их дети, которые были похоронены в фамильном склепе под церковным залом.
У входа в храм находился надгробный камень с мраморным крестом. Здесь покоится известный осетинский просветитель, протоиерей Александр Цаликов, в последние годы своей жизни часто проводивший богослужения в храме. Ныне сохранился только надгробный камень. Службы в домовой церкви, ставшей после революции приходской, продолжались до 1929 года.
Здание бывшей богадельни с церковью было национализировано и позднее стало административным корпусом военного санатория. С 1992 г. началось постепенное восстановление храма. Первые иконы и утварь пожертвовали различные благотворители.
10 октября 2002 г., в день 80-летия Центрального военного санатория, в отреставрированном здании была торжественно освящена часовня во имя святителя Василия Великого, «первый в России храм при военном санатории».
Василий Великий — один из величайших учителей православной церкви, который жил в IV веке.
Он прославился глубоким знанием Священного Писания, великой ученостью, трудами на благо церковного мира и единства. Среди постоянных опасностей святой Василий поддерживал православных, утверждая их веру, призывая к мужеству и терпению. Все свои личные средства он употреблял в пользу бедных: создавал богадельни, странноприимные дома, лечебницы, устроил два монастыря — мужской и женский.
Святитель Василий Великий является небесным покровителем просветителя Русской Земли — святого равноапостольного великого князя Владимира, нареченного в крещении Василием.
Вновь устроенная церковь при богадельне имени Зипалова, что в Пятигорске, была освящена епископом Владикавказским и Моздокским Владимиром (Сеньковским) 27 октября 1896 года во имя Св. Василия, епископа Парийского.
Источник: Владикавказские епархиальные ведомости 1896 г. № 22 с. 320