Церкви в местах захоронения христиан ставились издревле, но точных сведений о том, когда был устроен такой храм в Путивле, нет. Из современного положения видно, что изначально некрополь Путивля находился вне пределов городских укреплений. Это обстоятельство делало невозможным строительство на его территории полноценного храма, разве что только часовни (учитывая пограничный статус города и как следствие постоянные нашествия неприятелей, строить храм в зоне постоянного риска было бы неразумно).
Когда Путивль оказался в глубоком тылу, оборонные сооружения стали сносить, поскольку опасность военного разорения была ликвидирована. Последние следы некогда мощных укреплений были уничтожены в конце XVIII в., когда проводилась перепланировка городских улиц. Приблизительно в это же время появилась и первая кладбищенская церковь, которую мы видим на плане 1784 г.: собственно кладбище обозначено в виде прямоугольника, в котором находится знак «+» и надпись «церковь кладбищная». Она была деревянной и первоначально освящена в честь Иоанна Предтечи. Появлению в Путивле кладбищенского храма способствовало строительство каменной церкви Покрова Богородицы (в центральной части города). Когда в 1772 г. строительство было завершено, ее деревянную предшественницу перенесли на кладбище и переосвятили в Предтеченскую.
Простояв чуть меньше века, этот храм пришел в негодность. По словам о. Иакова Левитского, «вместо обветшавшей убогой деревянной Предтеченской кладбищенской церкви построена на другом месте нынешняя кладбищенская роскошная Александро-Невская церковь».
Бумажные хлопоты по поводу сооружения каменного храма начались еще в 1851 г. с рассмотрения комиссией проекта и сметы. Разрешение на строительство было дано в 1856 г., причем наблюдение за ходом работ поручили архитектору Жердеву А.А. В описываемый период времени существовала определенная тенденция – приурочивать закладку новых церквей к дате восшествия на престол или в память почившего монарха. Ввиду этого, новый храм, первоначально задумывавшийся как Предтеченский, в 1860 г. был освящен в честь благоверного Александра Невского, как памятник о коронации царя Александра II Освободителя.
Освящение церкви состоялось в 1860 г. Свящ. Иаков Левитский отмечал, что она была «построена … покойным потомственным почетным гражданином Николаем Евсеевичем Томилиным на его личные средства. Живопись и иконостас работы новейшей школы, очень хороши. Своего причта нет». В перечне церковных причтов Курской губернии за 1908 г., мы видим, что она была бесприходной, приписной к собору, а богослужения совершались соборными священниками. Это был каменный одноглавый храм, в неорусском стиле, с луковичной главой на световом барабане и шатровой колокольней.
