В настоящее время на территории пустыни устроен деревянный храм в честь святых апостолов Петра и Павла, заложенный в ноябре 2010 года. В июне 2011 года собран сруб на бывшем месте церкви во имя святых верховных апостолов Петра и Павла. Тогда же над колокольней и срубом церкви водружены кресты.
В июле 2012 года в пустыни прошли торжества в честь 400-летия мученического подвига и 100-летия прославления преподобномученика Евфросина Синозерского, завершившиеся 7 сентября, в день обретения мощей святого, освящением храма Петра и Павла. Указом епископа Вологодского и Великоустюжского Игнатия № 198 «Об образовании прихода Троицкой Синозерской пустыни д. Пустынь» от 8 июля 2014 года в деревне Пустынь Чагодощенского района Вологодской области на месте некогда существовавшего мужского монастыря Троице-Благовещенская Синозерская пустынь образован приход Троицкой Синозерской пустыни.
12 июля 2016 года, в престольный праздник святых славных и всехвальных апостолов Петра и Павла, епископ Череповецкий и Белозерский Флавиан впервые более чем за 100 последних лет совершил архиерейское богослужение в Троицкой Синоезерской пустыни в сослужении духовенства епархии.
https://monasterium.ru/novosti/novosti-eparkhialnykh-monastyrej/v-troitse-blagoveshchenskom-monastyre-cherepovetskoy-eparkhii-sostoyalas-pervaya-liturgiya/
