Приморско-Ахтарский историко-краеведческий музей «вырос» из музея на общественных началах. История его начинается в 1959 году, когда учителя-историки на заседании секции «История» при районном отделе народного образования предложили организовать музей. К этому времени у каждого из присутствующих уже был накоплен богатый краеведческий материал по древней и современной истории Приморско-Ахтарского района. Идея учителей-краеведов была поддержана отделом культуры и райисполкомом, и 6 июня 1960 года исполнительный комитет Приморско-Ахтарского Совета депутатов трудящихся принял решение о создании районного историко-краеведческого музея на общественных началах.
Первоначально музей располагался в Доме пионеров. Открытие музея состоялось 19 мая 1962 года и было приурочено к 40-летней годовщине пионерской организации имени В.И. Ленина. Первым директором музея был один из его организаторов Пётр Кузьмич Пичугин.
Первоначально краеведческий музей занимал в Доме пионеров одну, затем две комнаты. Приморско-Ахтарский район имеет богатую историю, и музейная коллекция была сформирована из коллекций основателей музея, собранными ими на протяжении своей краеведческой деятельности. В основном это были предметы археологии, палеонтологии, дореволюционного прошлого, Гражданской и Великой Отечественной войн.
Постепенно количество музейных экспонатов увеличивалось благодаря случайным находкам местных жителей, школьников, рыбаков. К середине 1970-х гг. музей расширился, «переехал» в старинное здание, принадлежавшее в начале ХХ века купцу В.В. Малышеву. Некоторое время музей находился в ведомстве полеводческого колхоза имени В.И. Ленина. 23 декабря 1980 г.Приморско-Ахтарскому историко-краеведческому музею на общественных началах приказом № 758 министра культуры РСФСР было присвоено звание «Народный музей». В настоящее время коллекция музея составляет 6431 предмет.
В палеонтологической коллекции музея собраны разные палеографические образцы. Особый интерес представляют кости животных-гигантов, живших на территории Приморско-Ахтарского района миллионы лет назад. Кости южного слона были найдены в 1953 г. при размыве берега Азовского моря на территории Приморско-Ахтарского маяка. К сожалению, служители маяка пережгли почти все кости на известь, целыми остались только фрагменты костей и зубы. Благодаря фельдшеру из станицы Бородинской И.И. Плетешкову, оценившему находку, кости южного слона попали в музейную коллекцию. Фрагмент бивня южного слона был найден экскаваторщиками в песке на Ясенской косе в 1970-е гг.
В археологической коллекции музея есть уникальные памятники. Так, например, в музее хранится византийская подписная амфора последней трети VI– первой половины VII вв. Такие сосуды, к примеру, составляли значительную часть, около 80 экземпляров, груза корабля, потерпевшего крушение около 626 г. В центре надписи на амфоре изображен христианский крест.
В коллекции хранится еще один сосуд (урна) из кораблекрушения. Двуручная урна, покрытая ракушками, относится кXVII–XVIII вв.Такие сосуды встречаются повсеместно в Приазовье и в Крыму, однако чаще всего во фрагментах. В нашем музее хранится целая урна. Она была найдена рыбаками из бригады Баранова Ф.В. Приморско-Ахтарского рыбколхоза «Заветы Ленина» в Керченском проливе 1979 году.
Интерес представляет двуручный сосуд с инкрустацией, тип которого не определяется. Одна ручка у сосуда утрачена. Предположительно, сосуд относится к позднему Средневековью. Предназначение сосуда остаётся неизвестным. Также нуждается в атрибуции глиняная табличка с письменами, найденная в 1991 г. на территории меотского городища «Острый редант». Табличка сделана вручную из береговой глины, возможно, её формовали на ткани. Она имеет следы очагового обжига и,предположительно, относится к новому времени. Язык, на котором сделана надпись, предположительно местный, возможно, один из языков Кавказа или соседних регионов.
Еще одним интересным экспонатом музея является средневековое каменное изваяние. Оно было найдено на кургане Агрономный в начале 1970-х гг. учениками школы № 8 хутора Свободный. Скульптура очень интересная, необычная, трудно поддается как датировке, так и этнической привязке, требует дальнейшего изучения. Предварительно, датируют скульптуру половецким временем (II-я пол. XI — XII вв.), но не исключена и более ранняя датировка (I-я пол. XI — XII вв.), и тогда изваяние можно отнести к кимакам или огузам (тюркам), а не к половцам.
Музейная коллекция постоянно пополняется. Сейчас она представлена предметами палеонтологии, археологии, минералогии, казачьего быта, Кавказской, Гражданской и Великой Отечественной войн, советского периода.
С 2002 г. музей получил статус муниципального учреждения культуры. С 2013 г. музей получил статус муниципального автономного учреждения культуры.
