Построен в 1762—85 в урочище «Три Горы», за Трехгорной заставой, в слободе Новое Ваганьково на месте одноименного деревянного храма (1695). Сюда в 1678 переселили царских псарей и скоморохов, первоначально находившихся в слободе Старое Ваганьково (ок. Кремля). Существует несколько версий происхождения слова «ваганьково»: от «ваганить» — потешать, шутить; «ваганец» — место сбора денежного налога; от «ваган» («важан») — жителей Вяжской области, переселенных в Москву. В 1860 coopужены новые трапезная и колокольня. Около 1892 приделы свт. Николая Чудотворца и свт. Димитрия Ростовского вынесены из трапезной вперед в линию с главным престолом. В 1900—1902 на средства Г.Ф. и Н.Ф. Серебряковых к старому храму был пристроен новый с главным престолом в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» (архитектор Г.А.Кайзер). Расписан внутри в 1908.
В 1922 из храма власти изъяли св. 12 пудов золотых и серебряных украшений и церковной утвари. Закрыт в 1929. Сильно перестроен Разрушены главы храма и колокольня до первого яруса, в трапезной пробит второй ряд окон.
До 1990 в здании размещался Дом культуры, затем оно находилось в запустении. В 1992 возвращен РПЦ. Начались реставрационно-восстановительные работы. Богослужения возобновились в декабре 2000.
Эта церковь впервые упоминается в 1683 г. в слободе Новое Ваганьково на Трех Горах, куда, согласно московскому преданию, были переселены скоморохи, первоначально жившие в слободе Старое Ваганьково, напротив Кремля за Неглинной. В 1695 г. выстроили новый деревянный храм восточнее, ближе к Москве-реке. После возведения Камер-Коллежского вала храм оказался в черте Москвы, у Трехгорной заставы. Каменный трехпрестольный храм с трапезной и колокольней возвели в 1762–1785 гг. Главный престол – иконы Божией Матери «Живоносный Источник», приделы в трапезной – святителей Николая и Димитрия Ростовского. По старой московской традиции храм продолжали называть Никольским даже в официальных документах. Построенный в стиле классицизма, он был завершен ротондальным куполом, боковые фасады имели классические портики.
В 1860 г. выстроили новые трапезную и колокольню. Около 1892 г. приделы вынесли из трапезной на восток, в линию с алтарем главного храма. В 1900–1902 гг. был выстроен новый главный храм, средства на строительство которого пожертвовали Г.Ф. и Н.Ф. Серебряковы. Проект здания и его внутреннего убранства создал архитектор Г.А. Кайзер. Освящение главного престола в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» произошло 1 декабря 1902 г. Был устроен великолепный пятиярусный иконостас, иконы написаны по золотому фону, сделана новая утварь и новые ризы на иконах. В 1908 г. храм внутри расписали.
Храм закрыли в январе 1930 г. Долгое время здание занимал детский клуб имени Павлика Морозова. Главы храма и колокольню до первого яруса сломали. В трапезной сделали второй этаж и пробили второй ряд окон. В 1990 г. детский клуб Павлика Морозова выехал из здания, бросив внутри разбитую статую пионера; крыша частично обвалилась. В середине 1991 г. Никольский храм вернули общине верующих. Капитальная реконструкция продолжалась почти десять лет. В результате храму был возвращен вид, который он имел после последней предреволюционной перестройки начала 1900-х годов. Богослужения возобновились в 2001 г. Святыни храма: частица мощей святителя Николая, чтимая икона Спаса Нерукотворного образа XVI века, принесенная из храма апостола Андрея Первозванного, куда его передала Мария Миронова после смерти ее сына, артиста Андрея Миронова.
Михаил Вострышев. Москва православная. Все храмы и и часовни
