Храм Андрея Первозванного сооружён в 1916 г. вместо деревянной часовни Андрея Милостливого, находившейся в северо-восточном флигеле церковно-приходской школы, построенном в 1822-1824 гг. по проекту архитектора А.Г. Григорьева. Церковь предназначалась для заказных литургий и отпевания усопших.
В 1918 г. храм был закрыт. В период советской власти там размещались общежития, затем мастерские, склады, магазин похоронных принадлежностей. В 1989 г. храм возвращён Православной Церкви.
Эта церковь находится на территории Ваганьковского кладбища и является вторым кладбищенским храмом. В 1839 г. на средства купчихи А.Ф. Мазуриной здесь была устроена часовня для оставления на ночь покойников перед отпеванием. Над часовней поставили полукруглый купол, завешенный барабанчиком, окруженным колоннадой, с небольшой главкой. В 1916 г. часовню переделали в церковь. Алтарную апсиду пристроили к зданию часовни как продолжение флигеля по продольной оси вдоль Малого Ваганьковского переулка (ныне улица Сергея Макеева). Поэтому алтарь храма обращен не на восток, а на север, что не вполне канонично, но допустимо.
В 1918 г. храм был закрыт, и в здании помещалось общежитие, потом мастерские, склад, и последним его занимал долгое время магазин похоронных принадлежностей. Интерьер храма был полностью уничтожен. Вновь освятили храм 21 октября 1989 г. Его большое свободное пространство удобно для отпевания, и в нем сейчас отпевают большинство покойников, привозимых на Ваганьковское кладбище для захоронения. Росписи отвечают тематике воскресения мертвых. В центре плоского плафона в овальной рамке изображено видение ветхозаветного пророка Иезекииля – воскресение мертвых. На южной, противоположной алтарю стене несколько позднее было написано «Сошествие во ад», также продолжая тему воскресения мертвых. При Андреевском храме 6 мая 1991 г. был освящен придел великомученика Георгия Победоносца и мученика Валентина. Придел имеет отдельный вход и соединен с Андреевским главным храмом только служебным коридором, поэтому его часто считают отдельным храмом.
Михаил Вострышев. Москва православная. Все храмы и и часовни