Впервые официальные связи России с Индонезией зафиксированы в конце XIX века, когда в Батавию – административный центр тогдашней Нидерландской Ост-Индии был назначен российский консул М.М.Бакунин. Он провёл в стране несколько лет и по возвращении на родину издал записки под названием: «Тропическая Голландия. Пять лет на острове Ява». Книга и сейчас остаётся ценным источником по истории, культуре, этнографии и филологии Индонезии.
Современная история отношений с Индонезией начинается непосредственно после провозглашения независимости 17 августа 1945 года, и поначалу сводилась к поддержке в ООН национально-освободительной борьбы Индонезии. 28 сентября 1950 года Индонезия была принята в ООН.
Началом дипломатических связей считается 3 февраля 1950 года, когда Мохамадд Хатта, премьер-министр Соединённых Штатов Индонезии (СШИ), сообщил в ответной телеграмме министру иностранных дел СССР А.Я.Вышинскому о готовности «рассмотреть вопрос об открытии переговоров относительно установления дипломатических отношений».
После визита президента Сукарно в Россию наступил период активного сотрудничества во всех сферах, в первую очередь в военной.
После трагических событий 1965 года, когда антикоммунистические репрессии в Индонезии повлекли большое количество жертв и свержение строя, между отношениями стран наметилось заметное охлаждение.
Новый этап в российско-индонезийских отношениях наступил в конце 80-х годов, и знаковым явлением стал визит президента Сухарто в СССР. После этого наблюдается нарастающее развитие связей обеих стран, не подверженное влиянию смены политического руководства как России (СССР), так и Индонезии.
Сейчас послом Российской Федерации в Республике Индонезии является Воробьева Людмила Георгиевна.
