Свято-Покровский храм был построен в 1781 году и первоначально являлся кладбищенской церковью Богоявленского монастыря. В 1804 году церковь была объявлена соборною, фактически игравшей роль кафедрального храма. После восстановления Полоцкой епархии и переосвящения иезуитского костела Святого Стефана в соборную церковь во имя св. Николая Мирликийского в 1833 году Свято-Покровская церковь стала приходской. К этому времени здания храма, в то время деревянного, сильно обветшало. Вскоре она была переведена в разряд приписных и закрыта. Вместо нее в 1838 году была устроена новая церковь во имя Покрова Пресвятыя Богородица в здании бывшего костела францисканского монастыря. Эта церковь получила название Ново-Покровской. Однако в 1860 году она дала осадку фундамента и была снесена.
Стоявшая с 1838 года закрытой старая Свято-Покровская церковь в 60-х — начале 70-х годов XIX в. была отремонтирована и вновь открыта. Во время пожара 1900 года Свято-Покровская церковь сгорела. Полочане начали собирать средства на восстановление храма. Ровно через пять лет после пожара, 21 мая 1905 года был заложен фундамент новой Свято-Покровской церкви, на этот раз каменной. К началу Первой мировой войны кирпичный храм был, вероятно, уже выстроен.
В начале 30-х годов ХХ века Свято-Покровская церковь была закрыта советской властью. Служители храма были подвергнуты репрессиям. После освобождения Полоцка от нацистов в 1944 году в здании храма была открыта конфетная фабрика. В 60-е годы ХХ века произошёл пожар, в ходе которого здание церкви сильно пострадало. В 1967 году обгоревшие стены храма были разобраны.
