В 1862 года начались работы по строительству постоянного каменного храма. В 1867 году был построен холодный трёхпрестольный храм с примыкавшей к нему колокольней. Храм имел форму креста с главным престолом во главе и приделами по сторонам. Имел 16 окон и был увенчан крестом, обитым медью, покрыт железом. Главный престол епископом Герасимом был освящён во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Левый придел был освящён во имя великомученика Пантелеимона, правый придел — в честь святого князя Александра Невского.
6 октября 1868 года был освящён построенный на средства жителей Бугуруслана храм во имя иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радость». Храм был каменный, тёплый, колокольни не имел, колокола висели на деревянных столбах. Церковь сильно пострадала при пожаре, случившемся в монастыре в январе 1877 года, однако быстро была восстановлена. Уже 22 сентября 1877 года была заново освящена самарским епископом Герасимом.
После пожара в 1877 году была построена полукаменная домовая церковь во имя рождества Иоанна Крестителя, крытая тесом и окрашенная масляной краской по штукатурке. Освящена 3 февраля 1877 года. После открытия Свято-Троицкого храма она была упразднена.
В 1893 году самарский епископ Гурий освятил место для закладки нового храма. Шесть лет на средства купца М.Ф. Рожнова велось строительство нового тёплого каменного трёхпрестольного храма. Храм имел 17 глав, увенчанных позолоченными железными крестами, освещался 32 окнами различной величины. Освящён в 1899 году. Главный придел был освящён во имя Святой Троицы. Левый придел был освящён во имя святителей Митрофана Воронежского, Тихона Задонского, Гурия Казанского и Феодосия Черниговского. Правый придел был посвящён иконе Божией Матери «Скоропослушница» и преподобной Ангелине Сербской.
