Покровский монастырь был основан в 1708 году Астраханским митрополитом Сампсоном. Крупный астраханский откупщик дьяк Василий Кучуков взял у владыки тысячу рублей под залог своего сада в междуречье реки Кутум и притока Луковки. Вернуть долг дьяк не смог, поэтому участок земли перешёл во владение архиерея, который основал на этом месте монастырь. В 1708 году был построен каменный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы, с каменной колокольней. При храме поселились несколько иноков из архиерейского дома. Вероятно, тогда же была построена и каменная ограда монастыря. При Астраханском епископе Мефодии в 1763 году в обители были построены два храма, во имя преподобного Илариона Великого в южной угловой башне и в честь святителя Мефодия, патриарха Цареградского, в северо-восточной башне. В 1790 году Покровский монастырь стал самостоятельным. В 1806—1808 годах Астрахань поразила эпидемия чумы. Многие горожане стремились в Покровский монастырь, потому что в пределах обители, как считалось, болезнь отступала. Возле монастыря возник целый лагерь. Сами же братия заражались чумой, причащая больных в карантине на Стрижевом бугре, рядом с монастырём, и умирали. В живых осталось лишь несколько монахов. В 1807 году больница со Стрижевого бугра была перенесена в монастырь, а оставшаяся братия была размещёна по другим астраханским монастырям до сентября 1708 года, когда монахи вернулись в обитель, очищенную от чумы. В 1822 году Воскресенский Болдинский монастырь из-за неудобства его расположения на берегу, постоянно подмывавшемся водой, был объединён с Покровским монастырем под названием Покрово-Болдинского. В 1867 году храм в честь преподобного Илариона был отремонтирован и заново освящён в честь святой великомученицы Варвары, в молитвенное воспоминание умершей супруги купца Иоакима Андреевича Репина, на чьи средства был проведен ремонт храма. В 1893 году был выстроен новый двухэтажный настоятельский корпус, в 1903 года, новая колокольня. В 1900—1902 годах была перестроена большая часть монастырских зданий. В 1908 году был освящён новый храм, построенный на месте обветшавшего храма в честь святителя Мефодия. Новый храм был освящён в честь святителя Мефодия, патриарха Цареградского, в честь преподобного Сампсона Странноприимца и в честь великомученицы Екатерины, небесной покровительницы купчихи Е. Ф. Башкиной, на средства которой и был выстроен этот храм. Главной святыней обители была древняя чудотворная икона Покрова Пресвятой Богородицы. В годы эпидемии 1806—1808 годов многие астраханцы исцелились от чумы после молитвы перед этим образом. Известны были несколько случаев избавления от нашествия саранчи после крестных ходов с чудотворным образом. С давних времён жители города Астрахани, с разрешения монастырского начальства, носили эту святую икону по своим домам для освящения их и молитвы перед нею.
После начала Первой мировой войны в монастыре был открыт госпиталь на 30 человек. Покрово-Болдинский монастырь принял под свою опеку и 26 человек беженцев.
По благословению митрополита Астраханского Ионы Карпухина восстановлению Покрово-Болдинского монастыря начал помогать Иоанно-Предтеченский монастырь. 14 мая 2011 года на Екатерининский храм был установлен первый синий купол и крест. 6 июля 2012 года в день памяти священномученика Митрофана Краснопольского насельник Иоанно-Предтеченского монастыря иеромонах Антоний Азизов отслужил молебен в Екатерининской церкви. 11 мая 2013 года в Екатерининском храме состоялась первая после закрытия монастыря Божественная литургия. В том же году состоялись богослужения на Покров и на престольный праздник Екатерининского храма. 14 марта 2014 года Иоанно-Предтеченский монастырь обратился к руководителю агентства по управлению государственным имуществом Астраханской области, прося, в соответствии с Федеральным законом от 30 ноября 2010 года «О передаче религиозным организациям имущества религиозного назначения, находящегося в государственной или муниципальной собственности», передать монастырю комплекс зданий Покрово-Болдинского монастыря, до муниципализации принадлежащего Астраханской епархии. В конце Великого поста 2015 года на Екатерининскую церковь был установлен новый золотой купол с крестом. 7 декабря 2015 года в Екатерининском храме была отслужена первая после закрытия монастыря Божественная литургия архиерейским чином, которую возглавил митрополит Астраханский и Камызякский Иона Карпухин. Осенью 2016 года здание храма великомученицы Екатерины было передано от противотуберкулезного диспансера Иоанно-Предтеченскому монастырю. В ознаменование этого события возле храма была заложена дубовая аллея.
