Участок земли в Яффе — портовом городе, через который шел основной поток паломников в Палестину, — российские власти приобрели в 1868 году. Сначала здесь размещался странноприимный дом, а затем в 1894 году возвели храм. Церковь заложили в присутствии председателя Императорского Православного Палестинского общества (ИППО) великого князя Сергея Александровича, великой княгини Елизаветы Федоровны (именно она возглавила ИППО после убийства Сергея Александровича), а также великого князя Павла Александровича. Храм помогали строить местные жители, а иконы для него написал русский художник Антон Ледаков. Подворью дали имя святой Тавифы — в честь найденной на территории местного сада гробницы этой чтимой святой. Позднее над ее усыпальницей соорудили часовню. Сегодня подворье принадлежит Русской духовной миссии в Иерусалиме.
