Церковь строилась с конца 1980-х годов попечением архимандрида Георгия (Саввы) как новый приходской храм города, окончена в 1991 году, в 1992 году при ней создан мужской монастырь. Сама церковь — прямоугольная в плане постройка, увенчанная куполом и двухъярусной шатровой колокольней.
В Свято-Духовом мужском монастыре проживает в настоящий момент 80 братьев, которые несут послушание и выполняют все работы в обители. Здесь есть столярные, плотницкие, слесарные и свечная мастерские. В Свято-Духовом мужском монастыре Краснодарского края хранятся чтимые святыни в виде икон Божией Матери «Неопалимая Купина» и «Владимирская», а также икона святого великомученика и целителя Пантелеймона.
