В «Атласе Калужского наместничества» 1782 года издания упоминается тракт Козельск-Болхов, шедший через Клюксы на Волосово, Хряпкино, Вейно, Верхний Передел и далее на юг. У деревни Клюксы был оборудован паромный переезд через реку. Когда выше по течению реки у села Булатово была построена мельничная плотина, то в нижнем течении река по этой причине сильно обмелела и вместо парома стали использовать деревянный мост, возводимый вновь каждое лето. Сама дорога просуществовала многие последующие десятилетия и сыграла важную роль в развитии приречных и расположенных в лесу, к югу за рекой, сёл Хосцы, Дубновичи, Волковынка и Волосово-Звягино.
Последним владельцем усадьбы был А.Н. Ергольский. В 1895 году в Клюксах насчитывалось пять крестьянских общин. Две из них состояли из бывших крепостных крестьян помещицы Софьи Михайловны Астафьевой, впоследствии схимонахини Софии, первой настоятельницы Шамординского монастыря; одна община – из поселян помещика Шахнина; одна – из мужиков помещика А.Н. Ергольского и одна – из дворни князя Дмитрия Александровича Оболенского, члена Государственного Совета.
Если по данным 10 ревизии 1858 года в Клюксах насчитывалось 45 крестьянских дворов, 213 душ мужского пола и 209 душ женского пола, то в 1895 году количество дворов увеличилось до 89, а население до 272 душ мужского пола и 289 душ женского пола. Местных промышленников в Клюксах не было, а отхожих было 37 мужчин.
До наших дней сохранился главный усадебный дом, построенный в стиле классицизма, и остатки плодового сада. Здание усадьбы возведено в начале или середине XVIII века.
Во время Великой Отечественной войны в усадьбе Клюксы размещался военный госпиталь, а до недавнего времени — школа. Сейчас здание пустует и разрушается.
