Вход в пещерный собор вырезан в так называемых дивах. Это меловые останцы, которыми славится Воронежская область. Своды пещеры держатся на 12 меловых колоннах. До революции храм имел хорошо укрепленный вход, колодец, замаскированный запасный выход и, при надобности, мог выдержать длительную осаду. Входы в некоторые коридоры пещерного собора задрапированы, далеко не все уголки пещерного собора доступны для посещения.
Главный престол — Спаса Нерукотворного. Из освещения здесь только свет от нескольких свечей и от лампад. Главная святыня монастыря — Костомаровская икона Валаамской Божией Матери. По преданию, подарена монастырю императором Александром I. На образе видны следы от пуль. По легенде, некий лихой красноармеец 6 раз в упор расстреливал икону, целясь в лики Богородицы и Христа, но ни разу так и не попал. В некоторых источниках её называют Валаамская «Расстрельная». В 2002 году эта икона замироточила (а написана она на железе). Ещё одна особо почитаемая в монастыре икона «Труд святого семейства». В левом приделе святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии на стенах, прямо в меловой породе, в 2011 году вырезаны иконы — работа мастера из Белгорода.
Начиная с 1943 года верующие жители Костомарово на протяжении нескольких лет просили об открытии в пещерах приходской церкви. Разрешение было получено только в 1946-ом. Именно в этот период был расширен ход, ведущий вглубь Спасского храма, и в этом расширении был создан этот придел. Вдохновителем и активным строителем считают блаженного Андрея, который несколько лет находился здесь в затворе.
