Музей был основан в 1887 году. В настоящее время является одним из крупнейших музеев на Северо-Востоке Российской Федерации. Он обладает прекрасным собранием памятников истории и культуры народов Якутии, широко известен как центр культурно-образовательной деятельности. Научно-исследовательская деятельность музея строится с учётом его специфики. Главное направление исследований – источниковедческое, где приоритет отдается составлению каталогов по коллекциям, исследованиям по археологии и этнографии Якутии, истории музейного дела в республике и Сибири. Научно-исследовательская работа музея нашла отражение в многочисленных публикациях сотрудников в научных сборниках, трудах журналах, подготовке и изданию монографий.
Музей является коллективным членом Союза музеев России. Им установлены тесные связи с российскими и зарубежными музеями, международными музейными организациями. Первое признание в международных проектах музей получил в 1981 г., участвуя в международной выставке «Человек и его мир» в г. Монреаль (Канада). С тех пор музей развернул активную выставочную деятельность, его коллекции выставлялись во многих странах и регионах РФ.
На сегодняшний день музей имеет семь филиалов:
• Черкехский историко-мемориальный музей «Якутская политическая ссылка» (музейный комплекс);
• Республиканский музей истории государственности Республики Саха (Якутия) имени Максима Кировича Аммосова;
• Дом-музей «Якутская ссылка»;
• Мемориальный дом-музей Максима Кировича Аммосова;
• Дом-музей Емельяна Ярославского;
• Музей государственности Республики Саха (Якутия) им. Платона Алексеевича Ойунского;
• Музей государственности Республики Саха (Якутия) им. Исидора Никифоровича Барахова;
• Музей Боевой Славы (отдел).
Ежегодно музей и его филиалы посещают более 120 тыс. человек, в год музей организует свыше 150 выставок, более двухсот культурно-образовательных мероприятий. На сегодняшний день в фондах музея хранятся более 120 тысяч предметов основного и научно-вспомогательного фонда.
