Церковь в Копнине существовала уже в половине XVI века, в вышеупомянутой сотной выписи 1563 года замечено: «В селе церковь Никола Чудотворец». В писцовых книгах 1593 года показана церковь того же имени — «не освящена». Вероятно, это была вновь построенная церковь, при ней «поп Важен, проскурница да нищие питаются от церкви Божией», пашни церковной 10 четвертей, сена 100 копен. Через 35 лет население Копнинской вотчины значительно уменьшилось; вероятно, это последствия литовского разорения. По писцовым книгам 1628-1629 годов в с. Копнине значится двор монастырский, детёнышей для монастырской пашни 7 дворов и бобылей 2 двора, в дер. Свечине монастырских рыбных ловцов 14 дворов, пашни худой земли 65 четвертей, в дер. Желтикове 5 дворов крестьянских, в дер. Меринове 2 двора крестьянских, 2 бобыльских и 1 пустой, дер. Измайлова же показана пустошью. В переписных книгах 1678 года Копнино значится присёлком к с. Хупани и вся Копнинская вотчина переписана вместе с Хупаньской; перечислены все вышеупомянутые деревни, не исключая и Измайлова, которое, очевидно, к этому времени вновь заселилось; во всей этой вотчине было 169 дворов крестьянских и 10 бобыльских с населением в 604 души мужского пола. И в XVIII веке крестьяне с. Копнина и приписанных к нему деревень отправляли свои повинности Троице-Сергиеву монастырю вместе с крестьянами с. Хупань. С 1764 года они стали казёнными крестьянами.
В писцовых книгах 1628-1629 годов о церкви в Копнине имеются следующие сведения: «В селе церковь Николы Чудотворца древяна клецки, а в церкви деисус и двери царские, и образы местные, и ризы, и книги, и всякое церковное строение монастырское, при церкви поп Андрей, дьячок Федька, пономарь Якимко, пашни паханой церковной земли 2 четверти в поле, лесом поросло 8 четвертей, сена 100 копен». Из надписей на хранившихся в церкви книгах можно видеть, что церковь во имя Николая Чудотворца существовала в Копнине в 1684 году.
В 1711 году при ней было 62 приходских двора; в 1746 году с церкви взималось дани 3 руб. 28 коп.
В 1775 году она сгорела и в том же году с благословения епископа Переславского Антония была построена новая деревянная же церковь во имя Николая Чудотворца. Гавриил Иванович Цветков после окончания богословского отделения Владимирской духовной семинарии в 1804 году назначен священником с. Копнина Переславского уезда, умер в 1837 году.
В 1815 году вместо деревянной церкви возведён прихожанами существующий ныне каменный храм с такой же колокольней. Престолов в нём три: в холодном Святителя Николая Чудотворца, в тёплых приделах — Преподобного Сергия Радонежского и Казанской иконы Божией Матери. Утварью, ризницей, святыми иконами и богослужебными книгами церковь была снабжена достаточно. Престол главного храма был обложен медными вызолоченными досками с вычеканенными на них священными изображениями. Из святых икон особенно были почитаемы прихожанами Смоленская икона Божией Матери, икона Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и Святителя Николая Чудотворца.
