Приход во имя святителя Иннокентия митрополита Московского, известного миссионера и просветителя, размещается по адресу Пограничная 38.
До 1993 года это был обычный жилой дом. После образования Южно‐Сахалинской и Курильской епархии, в 1993 году администрация Южно‐Сахалинска передала здание Русской Православной Церкви, после чего здесь был сделан капитальный ремонт. Сначала в помещении размещалось епархиальное Управление. В 1994 году Управление переехало в другое здание, а на улице Пограничной образовался самостоятельный приход.
За годы храм стал духовным и культурным центром для жителей города. Несколько лет назад в приходе святителя Иннокентия была образована городская воскресная школа, многие годы проводится лекторий для всех желающих. Многие тысячи горожан и гостей областной столицы, в основном проживающих в районах Сахалинской области, принимали в храме святое крещение.
Еженедельно, по четвергам, в храме служат молебны перед иконой Божией Матери «Неупиваемая Чаша» о страдающих недугом алкогольной зависимости. Каждый вторник, совершаются особые службы о болящих онкологическими заболеваниями перед иконой Божией Матери «Всецарица», которая также является одной из святынь прихода.
В 2004 году, во время празднования 10-летия прихода, община обратилась в администрацию Южно‐Сахалинска с просьбой выделить небольшой участок земли с тем, чтобы рядом с имеющимся зданием построить настоящий храм. В поддержку строительства было собрано более 2500 подписей жителей. В следующем года администрация города выделила участок, а в октябре 2007 года мэр Южно‐Сахалинска Андрей Игоревич Лобкин подписал разрешение на строительство нового православного храма.
Новое церковное здание возведено рядом со старым, в котором, в свою очередь, планируется разместить Духовно‐просветительский Центр, библиотеку и молодежный миссионерский лекторий.
С декабря 2009 года службы совершаются в новом храме.
