Второй каменный храм — Троицкий был построен в 1747 году по указу Московской Духовной консистории по прошению путивльской и рыльской помещицы Анны Забелиной, сестры настоятеля игумена Матфея (Лукашева). Освящен храм был в 1751 году, в нем совершали богослужения, так как отделочные работы главного Николаевского собора затянулись на долгие годы. Впрочем и Троицкий храм постоянно благоустраивали и реконструировали. С северной стороны были пристроены приделы, которые в 1792 году разобрали, так как кирпич понадобился на хозяйственные нужды. В 1852 году чугунные полы заменены деревянными и сделано новое крыльцо, в 1858 году перекрыта новым железом кровля, купол украсили золотые звезды. В 1883 году выполнена внутренняя капитальная отделка, а через два года проведено еще одно благоустройство внешнего облика храма. В годы советской власти храм был частично разрушен, в настоящее время его успешно восстанавливают.
