Деревня Заварзино возникла в 1626 году. В ней существовала церковь в честь Иоанна Предтечи, но после революции 1917 года храм был закрыт и переоборудован в клуб, а в 80-е годы ХХ века здание пришло в ветхое состояние и было разобрано.
В 2004 году в посёлке вновь был создан православный приход. Группа инициативных граждан долго добивалась возможности постройки молельного дома. В 2011 году выбрали участок на возвышенности, в середине поселка и заложили церковь.
7 июля 2014 года, в праздник Рождества Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, митрополит Томский и Асиновский Ростислав совершил Божественную литургию в Иоанно-Предтеченской церкви села Заварзино, в престольный день этого храма.
