Сведения о времени основании монастыря расходятся По одним источникам он был основан в 1605, по другим – в 1622 году. Известно, что монастырь точно существовал в 1630-е годы. Столь раннее появление монастыря в только что основанном городе А. Латышев объясняет правительственными указами. Первоначальное население Томска состояло из разгульных казаков, корыстолюбивых промышленников, иностранных искателей богатства, высланных поляков, сосланных каторжан, местных татар. «Правительство видело, как необходимо в таком краю заведение благочестивое, подающее пример христианских добродетелей…»
В 1630–1650-х годах Богородицкий монастырь находился у впадения реки Киргизки в Томь (Усть-Киргизский монастырь). В 1658 году он был перенесен на Юрточную гору. При строительстве были устроены подземные склады и ходы к реке Ушайке. В 1663 году церковь освятили во имя Св. Алексея, человека Божия, монастырь стал называться Богородице-Алексеевским.
Из Богородице-Алексеевского монастыря осуществлялось руководство прочими восемью сибирскими монастырями, входившими в Томский разряд. Монастырь до 1764 года был единственным в Томской губернии владельцем 400 крепостных крестьян, а также обладал земельными угодьями на реках Томи и Оби. В XVII веке при монастыре была открыта больница, а в 1746 году первая томская школа. Также при монастыре с 1858 года действовала духовная семинария с обширной библиотекой.
Монастырь, как и другие сибирские обители, был местом ссылки нарушителей монастырских уставов. Также в нём содержались и светские лица.
Главным монастырским храмом является Казанская церковь, имеющая также приделы в честь Алексия, человека Божьего и святых Флора и Лавра. Изначально постройка была деревянная, неоднократно сгорала. В 1789 году было построено современное каменное церковное здание в стиле сибирского барокко. В церкви находился особо почитаемый образ Божией матери «Неопалимая купина».
В 1922 году сам монастырь был закрыт, а монахов вместе с архимандритом казнили на горе Каштак. В зданиях монастыря расположили Индустриально-педагогический институт.
В 1992 году Казанская церковь и келейный корпус монастыря были возвращены верующим.
В 2012 году из федерального бюджета по программе «Культура России» было выделено 15 миллионов рублей на реставрацию Казанской церкви.
