Знаменская церковь берёт своё начало от деревянной церкви, построенной в 1703 году в честь иконы Божией матери «Знамение» (Абалакская) дворянином Иваном Качаловым, который происходил из города Углича.
К концу века церковь была достаточно ветхой, и после пожара решено было построить каменный храм. Строительство велось на средства потомков Качалова. Закладка нового храма произошла в 1789 году. Архитектурный стиль здания – сибирское барокко. В храме было отстроено три придела.
До революции 1917 года в северном приделе находились две большие украшенные серебряными окладами иконы с изображениями святых, написанные по заказу богатой прихожанки, чьё имя осталось неизвестным. Здесь же стоял серебряный ковчег с частью мощей святой великомученицы Варвары. Особо ценной святыней храма была часть животворящего Древа Креста Господня. Были также иконы с частицей мощей пророка Иоанна Предтечи, евангелиста Марка, царевича Димитрия, апостола Павла и других святых. Была также икона Христа Спасителя, высеченная на чёрном аспидном камне – шунгитном углероде. С приходом советской власти все святыни были утрачены.
В 1920 году здание церкви было национализировано, однако богослужения продолжались. Некоторое время Знаменской церкви удавалось сотрудничать с новой администрацией. Но 26 марта 1935 года по постановлению Западно-Сибирского исполкома Знаменскую церковь закрыли. После закрытия Знаменскую церковь отдали базе Сплавфлота, потом под склад зерна. В 1940 году здесь размещалось речное хозяйство, позже кузница и кочегарка, гараж, бойлерная, лодочная станция. Церковь использовалась и как жилое здание.
В 1992 году силами общины Свято-Троицкого храма началось восстановление Знаменской церкви. В 2004 году на колокольне Знаменской церкви установили колокола. А в 2005 году завершили восстановление центрального Знаменского придела.
