Храм томских старообрядцев в конце XVIII – начале XIX века стоял на берегу реки Томи, неподалеку от Богоявленской церкви, но при Императоре Николае I был уничтожен.
Община была легализована постановлением 1907 года, и Томск стал центром Сибирской епархии, в которую вошли Томская, Енисейская, Иркутская губернии и Семипалатинская область. Городская Дума отвела место под древлеправославный храм на Алексее-Александровской улице (сейчас – улица Яковлева).
Закладка храма состоялась в августе 1910 года. Деревянный храм Успения Пресвятой Богородицы был достроен и освящен 22 сентября 1913 года.
Чин освящения совершал первый томско-алтайский епископ Иоасаф (И.С. Журавлев). Епископу Иоасафу сослужило 8 священников, в том числе настоятель храма о. Трифон Сухов (будущий томско-алтайский епископ Тихон), известный епархиальный деятель, начетчик, один из редакторов журнала «Сибирский старообрядец» о. Даниил Суворов и другие.
Торжество события передает церковная периодика того времени: «В 6 часов утра… было совершено освящение воды, и потом самое освящение храма… Благодарение Господу Богу, теперь старообрядцы-томичи радуются. Подходя к храму и слыша несущийся с него мощными волнами звон, они приходят в восторг и плачут от радости, ибо случилось наяву то, о чем предки наши и не помышляли» (Церковь. 1913. No47.).
Ныне существующая деревянная пятиглавая церковь с трапезной и шатровой колокольней продолжала действовать и в советские годы, но в 1941–1944 г.г. была закрыта и использовалась как склад. В годы советской власти – это один из немногих действующих старообрядческих храмов в Сибири, единственный в Томской области. Церковь в разное время с архипастырским визитом посещали Митрополиты Московские и всея Руси.
К 400-летию Томска церковь отреставрировали. Здание имеет статус памятника архитектуры федерального значения.
