Первое упоминание о храме встречено в «Топографическом описании Курской губернии» (1784 г.), где записано: «во оном селе церковь деревянная во имя святого Николая Чудотворца, при которой священно- и церковно служительских дворов 3, во оных душ 17».
Население с. Горяиново в это время состояло из 80 податных дворов, в которых проживало 227 душ однодворцев и малороссиян, живущих своими дворами (украинцы на положении государственных крестьян), и 12 человек дворянского сословия.
Позднее к приходу Николаевской церкви, кроме с. Горяиново, принадлежало еще 3 населенных пункта. Сохранившиеся почти за сорок лет клировые ведомости позволяют проследить изменения численности и состава населения этих селений, являвшегося прихожанами церкви. Церковь с. Горяиново имела землю: усадебную с погостом 3 десятины 1006 кв. сажень, пахотную 51 десятины 1042 кв. сажени. Кладбище находилось в полуверсте от церкви.
В 1840 г. было построено новое, каменное здание храма. Строительство осуществлено тщанием протоиерея церкви Петра Каракулина с помощью прихожан. Здание окружала каменная ограда с 3 входами. Паперть открытая, с навесом на каменных столбах. Снаружи храм оштукатурен. Размеры здания в плане: 35 арш. 9 вер. × 25 арш. 7 вер. Имеются 24 окна, 16 из них с решетками. Храм имеет 7 глав, колокольня трехъярусная в одной связи с основной частью. Главы и колокольня покрыты железом, окрашенным на 5 главах. Кресты: 2 позолочены, 1 окрашен в желтый цвет, 5 – прорезные, 22 железные. В колокольне 5 колоколов весом 108 пудов 32 фунтов; 39 пудов 2 фунта; 16 пудов 3 фунта; 2 пуда 9,5 фунтов; 1 пуд 7 фунтов.
Храм имеет 3 престола: во имя Св. Николая Чудотворца, св. апостолов Петра и Павла, Св. великомученицы Параскевы Пятницы. Алтарная решетка железная. Роспись храма возобновлялась в 1912 г. Иконостас деревянный с позолотой, 4-ярусный, размеры его 16 × 11,5; 5 × 5,5; 5×5,5 (в аршинах), исполнен в 1840 и 1864 гг., возобновлялся в 1912, 1913 гг. В главном приделе находится киот с иконой Св. Николая Чудотворца 1 арш. 3,5 вер. × 13 вер. в серебряной ризе весом 11,5 ф. с эмалью и стеклами.
При церкви с 1893 г. существовала церковно-приходская школа, размещавшаяся в деревянной сторожке; в церковной библиотеке имелось 90 томов духовной литературы. Заведовал школой и вел в ней Закон Божий священник, учителем был дьякон. Дьякон не получал жалованья за работу в школе. В разные годы в школе обучалось от 30 до 50 девочек. С 1882 г. в церкви велась приходская летопись, которая, к сожалению, не сохранилась.
После выхода в свет декрета СНК РСФСР от 23 января 1918 г. Николаевский храм продолжал действовать в соответствии с уставом религиозного общества с. Горяиново и договором, заключенным этим обществом с исполкомом Обоянского волостного Совета рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов.
Согласно декрету ВЦИК от 23 февраля 1922 г. из храма изъяты церковные ценности: священные сосуды, лампады, кадила, ризы с икон, крышки с евангелий – всего 25 предметов весом 1 пудов 31 фунта.
В 1930-е гг. положение церкви осложнилось. В 1934 г. Горяиновский сельсовет под предлогом потребности в зернохранилище занял для этих надобностей храм на 3 месяца. Ктитора церкви Афанасьеву Александру Яковлевну, оказавшую сопротивление, арестовали и отняли ключи. В 1935 г. храм освободили от зерна, но верующим не возвратили. В 1935–1936 гг. прихожане не раз обращались с жалобами по этому поводу в Обоянский райисполком, Курский облисполком, наконец, во ВЦИК, откуда было получено предписание о возврате церкви верующим. К этому времени храму был уже нанесен значительный урон: разбиты царские врата, престол, уничтожен иконостас. Обоянский райисполком не выполнил предписание ВЦИК. В апреле 1940 г. райисполком рассмотрел ходатайство Афанасьевского с/с о закрытии церкви как не функционирующей с 1933 г. в связи с распадом общины. 8 июня 1940 г. облисполком принял решение о закрытии церкви и передаче здания для использования в культурных целях.
В годы Великой Отечественной войны богослужения в ней возобновились. Священником здесь в это время был Семейкин Андрей Михайлович. В 1944 г. оформлен договор граждан с. Горяиново с Обоянским райисполкомом о приеме здания Николаевского храма в бесплатное и бессрочное пользование. На протяжении 1940-1980-х гг. он являлся действующим.
Постановлением губернатора Курской области от 30 октября 1998 г. № 566 Николаевская церковь с. Горяиново поставлена на охрану как памятник культовой архитектуры регионального значения (указана по с. Афанасьево, т.к. входит в Афанасьевский сельсовет).
