Каменный храм в селе Панино появился благодаря графине Клейнмихель, к которой обратились с просьбой крепостные крестьяне. Дата постройки церкви святителя Митрофана Воронежского в с. Панино – 1855 г. В стене храма сохранился кирпич, на котором выбиты 1827 год и фамилия Клейнмихель. Добрую память о себе оставил священник Стефан Нестеров, служивший до Великой Отечественной войны полковником в царской армии. Под его руководством и при его прямом участии работала церковно-приходская школа. В 1927 году дом и земли, принадлежащие церкви власти забрали, но священник не уехал из села, а поселился с семьей на квартире и продолжал там совершать богослужения.
В 1938 году колхоз «Большевик» выкупил церковь у государства, в ней хранилось зерно. Во время немецкой оккупации церковь была открыта, но в 1948 году по решению общего собрания селян ее вновь закрыли и заняли под склад.
В августе 1990 года Митрофановский храм вновь открыли. Весной 1991 года возобновилились богослужения в храме. Иконостас самодельный заменили на новый, который пожертвовали от Пантелеимоновской церкви города Курска и который раньше стоял в Сергиево-Казанском соборе в приделе на 1-м этаже.
