Первые достоверные сведения о Борисоглебском монастыре встречаются в Никоновской и Новгородской четвёртой летописях и датированы первой половине XIV века. Во Владимирской летописи под 1346 годом читаем: «Того же лета преставися князь Василей Ярославич Муромский, в черньцех и в скиме, положен бысть в Муроме, в церкви святую мученику Бориса и Глеба». Никоновская летопись уточняет: «в монастыре на Ушине, при митрополите Феогносте». А из Новгородской четвертой летописи узнаем, что князь Василий Ярославич скончался зимой 6853 года, то есть в конце 1345 года.
Долгое время монастырь был деревянным, и только в XVII веке на месте обветшавших деревянных строений были выстроены новые каменные храмы: во имя Вознесения Господня с приделом страстотерпцев Бориса и Глеба и во имя Рождества Христова и Казанской иконы Пресвятой Богородицы. Год построения этих церквей неизвестен. Из надписи на сохранившемся антиминсе видно, что престол предела во имя страстотерпцев Бориса и Глеба освящен в 1681 году. В окладных книгах Рязанской епархии за 1676 год, к которой тогда принадлежал и Муромский уезд, в Борисоглебском монастыре названа церковь страстотерпцев Бориса и Глеба. «У той церкви дворъ попа Михайла, дьякона Зотика, дьячка Степана, въ приходе 5 дворовъ служнихъ, 59 крестьянскихъ и 19 бобыльскихъ; деревня Благовещенское, въ ней 30 дв. крестьянскихъ; дер. Пенцы – 6 дв. крестьянскихъ и дер. Варежъ, въ ней 32 двора крестьянскихъ и 7 бобыльскихъ». Обитель была обнесена каменной оградой.
В 1992 году Христорождественский храм бывшего Борисоглебского монастыря был возвращен Русской Православной Церкви и числится подворьем Свято-Благовещенского мужского монастыря города Мурома. В 2013 году, по благословению епископа Муромского и Вязниковского Нила Христо-Рождественский храм становится Архиерейским подворьем. Монастырская жизнь возобновляется, проходят регулярные богослужения. На территории монастыря в настоящее время проходят постоянные Богослужения в храме Рождества Христова на первом этаже. На втором этаже храм в честь Казанской иконы Божией Матери. При Подворье открыт паломнический центр «Евдокия», названный в честь дочери святых благоверных Петра и Февронии Муромских, общей вместимостью 80 человек, действует трапезная, музей «Русского костюма и быта», библиотека, родник и купальня, монастырское хозяйство.
