Село Банищи впервые было упомянуто в Рыльской писцовой книге 1678 г., как вотчина (наследственное владение) Рыльского Николаевского монастыря. В 1682 г. первая деревянная новопостроенная церковь Покрова Пресвятой Богородицы в с. Банищи Рыльского уезда была обложена налогом с 1-го двора монастырского, 25-ти дворов крестьянских и 13-ти дворов бобылей, размером в 24 алтына и 2 деньги (73 копейки). При этом упомянут священник этой церкви поп Марк.
В 1735-1737 упоминаются крестьяне с. Банищи вотчины Рыльского Николаевского монастыря Михаил Алдунин и Александр Устинов в связи с поданной ими в Правительственный сенат жалобой на игумена вышеназванного монастыря Пафнутия Лукашева в творимых им «обидах, налогах, взятках и протчем». Из документов дела видно, что в результате произведенного по распоряжению Коллегии Экономии следствия вина Пафнутия не была установлена. Алдунин же по определению все той же коллегии, «за ложную его челобитную и оболгание в оной Синода и Сената отослан в Сыскной приказ для наказания кнутом с вырезанием ноздрей и ссылки в Оренбург».
Строительство новой церкви Покрова Пресвятой Богородицы в Банищах было начато в 1878 г. Все жители села помогали, чем могли. Кирпичи для церкви делали на хуторе Кирпичный, а затем перевозили на место строительства. Раствор был замешан на яичных желтках. Здание каменной Покровской церкви в с. Банищи было освящено в 1880 г.
В период советского времени храм в с. Банищи, священники и истинные верующие христиане переносили все тяготы безбожного лихолетья. В годы войны село было оккупировано немецкими войсками. По рассказам местных жителей, колокольня храма использовалась как удобный наблюдательный пункт, а также место для расположения снайпера. В советское время Покровский храм на какое-то время закрывался, но затем богослужения возобновились и продолжаются по сей день.
За последние годы с помощью курского благотворителя храм ремонтируется. На портик западного входа в храм была установлена мозаичная икона Покрова Пресвятой Богородицы.
