Село Малышево в 1627 году было пожаловано царём Михаилом Фёдоровичем дьяку Ивану Грязнову за его Астраханскую службу; в селе были церковь Успения Пречистыя Богородицы и другая церковь во имя Святого Николая Чудотворца. В 1844 году Казанской губернии помещик Коллежский регистратор Владимир Михайлович Есипов подал покорнейшее прошение.
19 октября 1847 года Георгиевский священник Фёдор Веселовский рапортовал во Владимирскую духовную консисторию об освящении храма в селе Малышево и учинение подписи на кресте.
Через 23 года в 1870 году по просьбе прихожан престол в этом храме был переименован в честь Святого Николая Чудотворца. Утварью и ризницей, святыми иконами церковь снабжена достаточно. Из святых икон своей древностью отличаются иконы Успения Божьей Матери и Святого Николая Чудотворца в серебряных ризах.
В 1874 году село Малышево подверглось ужасному бедствию. По материалам государственного архива Владимирской области в деле «Об образовании Его Высокопреосвященством церкви Судогодского, Меленковского и Муромского уезда» за 1874 год рассказывается: «Сентябрь 20 день. Село Малышево: село подверглось в настоящее время пожару, но церковь однако осталась цела, только сгорела церковная сторожка. Прихожане мало усердны к церкви; церковь каменная, но холодная, без печей, утварь бедная, решётки в окнах не прочные, потому что в иных местах прикреплены проволокою. Священник Селин по недавнему здесь и лучшего ничего не успел сделать для церкви»
Кроме каменной церкви в Малышеве была ещё тёплая, деревянная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. До 1875 года эта церковь стояла на кладбище, а потом была перенесена к каменной церкви и обращена в тёплую. Время первоначального устройства этой церкви не известно. В Малышеве с 1888 года действовала церковно-приходская школа.
В советские годы традиции духовной жизни были прерваны. Церковь в селе была закрыта примерно в 1926 году. Официальной идеологий страны более чем на 70 лет был атеизм. Крестить детей, венчаться, отпевать умерших люди могли только тайно. О таких фактах сообщали по месту учёбы или работы. Церковная жизнь в стране стала скрытной, доступной не многим. Прихожане старались сохранить церковное наследие, память об утраченных святынях. В годы советской власти в здание храма располагались слесарные мастерские, затем школьный интернат, позднее после открытия нового школьного интерната здание церкви и вовсе стало заброшенно.
С началом перестройки в стране наметилось потепление по отношению к церкви. В эти годы в стране начался процесс возврата церковных зданий и предметов культа Русской православной церкви. Жителями села Малышево совместно с представителями Владимирской епархии было принято решение о восстановлении храма, в 2000 году в честь этого события был воздвигнут поклонный крест. На данный момент церковь отреставрирована, но все равно имеет незаконченную контрукцию.
