Храм расположен на подворье Праведной Тавифы, находящегося в ведении Русской духовной миссии (Московский патриархат) в Иерусалиме. Освящён в честь праздника Поклонения честным веригам апостола Петра. Северный предел освещён в честь праведной Тавифы.
Храм был построен на участке, приобретённом в 1868 году, при участии архимандрита Антонина (Капустина). Ещё до строительства церкви на купленной земле был построен странноприимный дом для православных паломников, прибывавших в Палестину через порт Яффа. Также был выкопан колодец, посажены плодовые (апельсины, лимоны, маслины, гранаты, смоквы) и декоративные (кипарисы, эвкалипты, сосны) деревья.
В строительстве храма, начатом 6 октября 1888 года в присутствии великих князей Сергея и Павла Александровичей и великой княгини Елисаветы Федоровны, принимали участие итальянские мастера и местные жители, иконы писал художник и критик А. З. Ледаков. В январе 1894 года церковь была освящена патриархом Иерусалимским Герасимом в сослужении митрополита Петра Аравийского и архиепископа Иорданского, а также архимандрита Антонина.
Церковь апостола Петра была спроектирована при участии архимандрита Антонина, который долгое время был настоятелем посольских церквей в Афинах и в Константинополе, где имел возможность изучить греко-византийское зодчество. Вероятно, именно поэтому в пропорциях храма ощутимо влияние византийской архитектуры.
К концу XX века храм, как и прочие здания подворья, обветшали. Активные восстановительные работы начались в 1995 году и завершились к 2000 году при игумене Пимене (Хараиме),бывшем ключарём подворья до конца 2010 года.
