В 1643 году в Ильинском по указу патриарха Иосифа была построена новая деревянная церковь с двумя престолами: в честь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова и Святого пророка Илии. Постройкой заведовал архимандрит Юрьевского Архангельского монастыря Дионисий. В новопостроенный храм патриарх Иосиф пожертвовал «и образы, и книги, и колокола и всякое церковное строение».
Интронизация патриарха Иосифа состоялась 27 марта 1642 года. Строгое исполнение церковных уставов и узаконений стало характерной особенностью его служения. Вступив на патриаршую кафедру, он обратился к духовенству и мирянам с первосвятительским поучением, состоявшим из трёх частей, в которых содержалось обращение к епископам, к царю и боярам и к рядовым священнослужителям. В 1643 году патриарх Иосиф защищал православие в прениях с лютеранским пастором Фильгобером, приехавшим в Москву с датским принцем Вольдемаром. При Иосифе издано 36 наименований книг, из которых 14 ранее на Руси не издавались. Были обретены святые мощи преподобного Кирилла Новоезерского, преподобного Саввы Сторожевского Звенигородского, благоверного великого князя Георгия Всеволодовича. На пожертвования патриарха Иосифа для мощей святого князя Георгия Всеволодовича была устроена серебряная рака во Владимирском Успенском соборе. В 1647 году в Царёво-Кокшайске была явлена чудотворная икона жен-мироносиц и на месте её явления воздвигнут храм. 5 апреля 1652 года в Москву перенесены мощи патриарха Иова. Большое внимание уделял патриарх Иосиф делу духовного просвещения, в 1649 году в Москве открылось духовное училище при Андреевском монастыре. На земском Соборе 1651 года, созванном по вопросу о воссоединении Украины с Россией, патриарх проявил себя подлинным патриотом и решительно высказался за скорейшее воссоединение. Он скончался 15 апреля 1652 года, искренне оплаканный царём, его ближайшим окружением и народом. Погребён патриарх Иосиф в Успенском соборе, рядом с гробницей первого патриарха Московского Иова, на месте, которое сам указал незадолго до своей кончины.
В 1643 году причт церковный составляли «поп Савелий Семенов, дьячок Абрамко Васильев и пономарь Стенько Пименов». Под 1669 годом в окладных книгах записано: «В с. Ильинском церковь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова и святого пророка Илии, во дворе поп Савва с детьми Сенкою, Олешкою, Савкою, тяглых крестьянских 48 дворов, бобыльских 4 двора.
В церкви было старинное евангелие, напечатанное в 1677 году, с надписью: «В честь и хвалу Богознаменитого храма Его и угодников Его Святого Славного Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова и Святого пророка огнеколесничника Илии, в патриаршу вотчину в село Ильинское тщанием о родительской памяти и своем спасении Чудова монастыря многогрешного старца Макария в вечный поминок, а кто сию книгу от святыя Божия церкви отлучит продаст или заложит и наше обещание ни во что вменит и его со мною за сие судит Бог на втором своем страшном пришествии хотяща воздати комуждо по делом его».
После упразднения патриаршества село поступило в ведомство Синодального приказа.
В 1792 году вместо ветхой деревянной церкви прихожане на свои средства поставили каменную с престолами в честь тех же святых. При церкви каменная колокольня и ограда. В 1868 году в главном храме поставлен новый резной позолоченный иконостас, стены расписаны священными картинами. В 1873 году в Ильинском приделе также поставлен новый иконостас и вызолочен в 1876 году.
