Село Кубаево расположено на речке Кенге и находится от Юрьева в 10 километрах. В XVI веке, как видно из отказных патриарших книг 1645-1647 годов, село Кубаево было вотчиной помещиков Коробовых. В 1570 году Василий Васильевич Коробов продал Кубаево Троице-Сергиевому монастырю за 600 рублей. В том же 1570 г. июня 3 дня с. Кубаево купила за 400 рублей старица Александра Ситцкая «до своего живота»; по её смерти село снова перешло во владение монастыря и оставалось его вотчиной до 1764 года. В указанных патриарших книгах находим сведения: в 1593 году церковь в селе была деревянная во имя Святых благоверных князей Бориса и Глеба, «а в ней образы и книги, и свечи, и все церковное строенье монастырское, а у церкви во дворе поп, во дворе праскурница, просвирница, а крестьян 15 дворов, да бобыльских 10 дворов, церковной пашни 20 четьи в поле, сена 15 колен».
В окладных книгах Патриаршего казённого приказа 1628 года под рубрикой «Живоначальныя Троицы Сергиева монастыря в вотчинах данныя церкви в разных городах» записано: «Юрьев-Польский церковь Бориса и Глеба в селе Кубаеве дани семь алтын с деньгою, десятильничих три алтына». В 1654 году по новому письму и дозору положено «дани рубль 25 алтын с деньгою». В 1698 году по благословению суздальского митрополита Илариона прихожане вместо обветшавшей церкви построили новую, тоже деревянную. В 1788 году она была перестроена, из сохранившейся договорной грамоты видно: трапеза расширена на южную и северную стороны, причём южные паперти сломаны; прорублено с южной стороны полукруглое окно, а с северной устроены глухие паперти, сделаны в церкви три круглых окна, снаружи она обшита тёсом, глава обита жестью.
В 1855 году средствами прихожан заложена каменная церковь, тёплый придел построен в 1856 году и освящён в честь Преподобного Сергия Радонежского чудотворца, холодная же церковь с главным престолом в честь Святых страстотерпцев Борис и Глеба окончена строением и освящена в 1860 году. В 1850 году построена каменная колокольня, сохранилась до настоящего времени, но в советское время была закрыта и разорена, ограда сломана. В церкви хранится древний холщовый антиминс, освящённый в 1696 году суздальским митрополитом Илларионом.
