Трудами игумена Митрофана, будущего святителя Воронежского, был построен трапезный каменный храм во имя Спаса Нерукотворного Его Образа – взамен ветхого деревянного, игуменские каменные кельи, полностью обновлено иконное убранство обители. Начатое в середине XVII века благодаря царским пожертвованиям и через несколько лет продолженное игуменом Митрофаном на собранные им средства строительство каменных храмов в обители завершилось в конце столетия. Строительные работы возобновились здесь только в XIX веке. В связи с прославлением святителя Митрофана Воронежского в лике святых в 1832 году, был устроен придел его имени над трапезной храма Нерукотворного Образа.
В 1690 году была возведена надвратная церковь во имя Святителя Николая Чудотворца, оформившая главный северный вход в монастырь – со стороны села. Позднее Никольская церковь была соединена с корпусом братских келий и, благодаря этому, с трапезным храмом Нерукотворного Образа Спаса. Так сложился цельный, удобный для молитвы и труда монастырский комплекс, обнесенный сначала деревянной, а затем кирпичной оградой. Строительные работы возобновились здесь только в XIX веке. В связи с прославлением святителя Митрофана Воронежского в лике святых в 1832 году, был устроен придел его имени над трапезной храма Нерукотворного Образа.
Закрыт монастырь был в 1923 году. Монастырский комплекс, подобно другим закрытым обителям, активно приспосабливали под нужды новой власти. «Владение» было «национализировано» и передано Владимирскому Губмузею, вывезшему все предметы, представлявшие какую-либо ценность. После образования в 1935 году Небыловского района в монастыре размещались различные организации. В церкви Спаса – райисполком со всеми его отделами.
В 1995 году обитель получила статус монастыря, утвержденный постановлением Священного Синода от 27 декабря 1996 года. В ноябре того же года весь монастырский комплекс был возвращен Владимирской епархии. Храм Нерукотворного Образа Спаса, в котором совершалось богослужение, наполнялся старинными и новописанными иконами.