В XVI веке Ненашевское принадлежало Юрьевскому Архангельскому мужскому монастырю. Царь Иоанн Грозный и его сын царь Феодор Иоаннович дали монастырю жалованные тарханные грамоты на вотчины, в числе которых и Ненашевское; но эти грамоты при разорении г. Юрьева поляками и литовцами сгорели. Поэтому царь Михаил Федорович, по прошению архимандрита Юрьевского и Архангельского монастыря Макария, в 1625 году дал на Ненашевское и другие монастырские вотчины свою жалованную грамоту, которая освобождала обозначенные в ней селения от казённых пошлин, и право суда над ними предоставил монастырским властям, «опричь душегубства и разбоя и татьбы с поличным». Вотчиной монастыря Ненашевское, вероятно, оставалось до отобрания монастырских населённых имений в казну в 1764 году.
О времени первоначального основания церкви в селе сведений не сохранилось, но, несомненно, она весьма древнего происхождения и уже существовала в XVI веке, так как в вышеупомянутых царских грамотах Ненашевское показано селом. В XVII веке в нём была деревянная церковь в честь Святых мучеников Флора и Лавра; в окладных книгах патриаршего приказа под 1628 годом записано: «Церковь Фрола и Лавра в селе Ненашевском в вотчине Архангелского монастыря, что в Юрьеве дани пять алтын с денгою десятильниа гривна». В отказных патриарших книгах 1645-1647 годов церковь описана так: зданием «деревяна клецки, а в церкви образы и свечи и книги и ризы и колокола и всякое церковное строение мирское, на церковной земле во дворе поп Клементий Савельев, во дворе пономарь Васка Еремеев, в келье просвирница Ульяница, пашни церковные добрыя земли 15 чети в поли, а в дву по тому ж, сена 15 колен».
Деревянная церковь Флора и Лавра существовала почти до конца XVIII века. В 1782 году за ветхостью она была упразднена, вместо неё прихожане своими средствами построили каменную двухэтажную церковь с каменной же колокольней. В 1855 году сделана каменная с железными решётками ограда. Земли при церкви: усадебной около одной десятины, сенокосной три десятины и пахотной 30 десятин.
Причт по штату: священник и псаломщик. На содержание причт получал годового дохода до 520 р., а именно: 300 р. за требоисправления, 200 р. от земли и 20 р. о сбора зерновым хлебом. Дома у причта собственные, на церковной земле. Приход состоял из одного села, в котором числилось 105 дворов, душ мужского пола 321, а женского 371.
Эта церковь существует до настоящего времени. Престолов в ней два: в верхнем этаже – в честь Божией Матери «Всех Скорбящих радость», в нижнем тёплом – во имя Святых мучеников Флора и Лавра.»
