Село Фроловское ещё в начале XX века называлось Флоровское. Оно принадлежит к числу древнейших селений Юрьевского района, упоминается в духовной грамоте 1389 года великого князя Димитрия Иоанновича Донского, который завещал его супруге, княгине Евдокии Дмитриевне. В этом браке родились 8 сыновей, Даниил ,Василий, Юрий ,Семён, Андрей, Пётр, Иван, Константин и 4 дочери, Софья, Мария, Анастасия, Анна. У княгини село выменял старший сын, великий князь Василий Димитриевич, и в духовной грамоте 1426 года завещал Флоровское супруге, княгине Софье Витовтовне, дочери великого князя литовского Витовта, с которой вступил в брак в 1391 году. У них родились 5 сыновей, Юрий, Иван, Даниил, Семён, Василий и 4 дочери, Анна, Анастасия, Мария и Василиса. В 1462 году великий князь Василий Васильевич завещал село супруге Марии Ярославовне. После смерти княгини селом владел её младший сын, князь Борис Васильевич Волоцкий. В 1471 году князь Борис вступил в брак с княжной Ульянией Михайловной, дочерью удельного князя Холмского Михаила Дмитриевича. У них родились сыновья Фёдор и Иван. В начале XVI века село было во владении сына князя Бориса, Фёдора Борисовича, удельного князя Волоцкого. Он умер бездетным. После мужа селом владела его вдова Мария. Флоровское оставалось дворцовым селом до 1691 года, когда было пожаловано боярам Петру и Василию Абрамовичам Лопухиным.
Церковь во Флоровском существовала уже в XIV веке. В 1628 году в книгах Патриаршего казённого приказа записана «церковь Ивана Богослова в государеве дворцовом селе Фроловском». В 1691 году, «Церковь Иоанна Богослова рублена клецки, ветха». В 1828 году деревянная Иоанно-Богословская церковь сгорела «от громового удара», вместо неё в том же году была заложена каменная. Ныне существующая каменная церковь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова с приделами Казанской иконы Божией Матери и Святителя Николая Мирликийского освящена в 1838 году. Каменная колокольня построена в 1852 году.
В советское время храм закрыт и разорён. Разрушены его завершение, алтарь, колокольня и церковная ограда.
