После покорения Казани Иваном Грозным местные деревни стали раздаваться во владение служилым людям, в том числе и мордовским старшинам и татарским мурзам. Одному такому мурзе по имени Беговат и достались две деревни, которые стали называть Беговатово и Малое Беговатово, Анучино. Примерно в 1620 году в Беговатове была построена деревянная церковь во имя Флора и Лавра, и Беговатово стало селом.
В XVIII веке в селе появились помещики Алексеевы. Это были потомки Степана Даниловича Алексеева-Лучинина, участники русско-польской войны 1654 – 1667 годах. Внук его Иван Антонович Алексеев, статский советник, при Петре I был консулом в Бордо, во Франции. Петр Александрович Алексеев, внук Ивана Антоновича, родился в 1776 году. Был арзамасским уездным предводителем. Есть основания полагать, что в 1812 году он занимался сбором и вооружением ополчения для войны с Наполеоном. Считают, что именно он построил в Беговатове в 1796 году каменную церковь и украсил село прудами. Первым священником в церкви был Дмитрий Георгиевский. Пруды рыли крепостные крестьяне. Ф.П. Алексеев умер в Беговатове. Похоронен возле церкви с восточной стороны от алтаря на расстоянии не более 10 м. Надгробный памятник до настоящего времени не сохранился.