Православие исповедует всего несколько русских семей. В 2009 году была создана епархия Бурунди и Руанды.
Первый православный храм в честь Успения Божией Матери в Бурунди появился в 60-е годы прошлого столетия. На сегодняшний день в стране действует два православных храма: Успенский собор в Бужумбуре, где служит иеромонах Василий (Бонане), и храм преподобного Арсения Каппадокийского в миссионерском центре в Гагаре, где служит священник Сильвестр Сахиугуву. Строится третий храм в составе комплекса миссионерского центра во имя великомученика Димитрия в Карамасе.
11 октября 2009 года в монастыре святого Саввы в Александрии архимандрит Савва был рукоположен в сан архиерея и стал первым православным епископом Бурунди и Руанды.
