Теплый храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы долгое время после возобновления монастыря служил главным местом соборной молитвы для монахов и паломников. Прежде эта церковь 1819 года постройки, расположенная в одном корпусе с трапезной, была освящена во имя Всех Святых.
Вот каков был внешний и внутренний вид ее, согласно старинной описи: «Церковь теплая каменная во имя Всех Святых, домового расположения в корпусе, который изнутри монастыря двухэтажный, а снаружи трехэтажный; под церковью братская трапеза и кухня; корпус крыт весь железом. Над крышею небольшой глухой трибун также обит железом с главкою и крестом. Длина церкви 39, ширина 19 1/4 аршин. Потолок поддерживается двумя рядами круглых деревянных колонн (ныне их нет — прим. ред.)… Местные иконы живописны. Клиросы закрыты высокими старыми киотами; из них в правом Образе Казанская Божия Матерь, вышиною 7,шириною 6 1/4 вершка, в среброиозлащенном окладе с венцами… корона украшена жемчугом, но углам 4 желтых камня обделаны стразами, и на ризе в разных местах между жемчугом простые разноцветные камушки. За левым клиросом вторая копия чудотворной Иконы «Знамения» Божией Матери, риза серебряная с позолотой, местами убрана жемчугом, венец и корона украшены разными камнями. С правой стороны в ряд с настоящим небольшой придел во имя Святой Троицы, освящен в 1832 году ноября 23 дня преосвященным Илиодором».
Храм Рождества Пресвятой Богородицы восстановлен в 1991 г., освящён Святейшим Патриархом Алексием II 19 сентября 1991 г.