В нынешних архитектурных формах и пропорциях собор Рождества Пресвятой Богородицы в Коренной пустыни существует с середины XIX века. Раньше на этом месте стоял более скромный каменный храм 1703 года постройки, а до того — поочередно две деревянные церкви, одна из которых была сожжена в 1611 году во время польско-литовского нашествия, другую же разобрали за ветхостью.
Постройка величественного соборного храма в Коренной пустыни заняла долгих восемь лет. Начатая в 1852 году, она завершилась к 1860 году. Первоначально предполагалось строить собор по другому проекту, но в итоге строительство велось по плану, поступившему из канцелярии графа П.А. Клейнмихеля, главноуправляющего путями сообщения, «который, посетив незадолго перед этим Коренную пустынь, сам курский помещик, обратил на нее особое внимание и заменил представленный первоначально план нового соборного храма другим, более соответствующим древности обители и ее превосходной местности».
В самом деле, будучи построен, Богородице-Рождественский собор органично принял роль доминанты всего архитектурного ансамбля и вплоть до своего разрушения в послереволюционную эпоху вызывал заслуженное восхищение паломников. «Особенно хорош вид на монастырь, — говорится в одном из старых описаний Коренной пустыни, — с противоположного лугового берега р. Тускори. Отсюда она разом открывается взору всею красотою своих зданий: на первом плане новый Соборный пятиглавый Храм Русско-Византийской (Тоновской) архитектуры…»
Собор просуществовал до 1923 года, когда его разорили и взорвали. Восстановление величественного храма началось только в 2007 году; в 2009 году оно было завершено.
