Приход ведет свою историю момента передачи части помещений аварийного детского сада православной общине Северодвинска. Но когда молельная комната в середине 1990-х перестала вмещать растущую общину, здание было передано Церкви целиком.
Епископ Архангельский и Мурманский Пантелеимон освятил храм в честь святителя Николая, что ознаменовало духовную преемственность Свято-Никольским храмом роли закрытого Николо-Корельского монастыря как важнейшего местного очага православия.
При первом настоятеле храма отце Аркадии Кононове здание приобрело вид православного храма. Трудники разобрали несколько перегородок, чтобы освободить помещение, и вскоре был пристроен алтарь, а храм увенчался куполами с крестами.
После освящения в храме несколько раз проводился ремонт. За время последнего ремонта был установлен расписной иконостас, приобретена новая церковная утварь, заменена сантехника храма, полностью отремонтирована трапезная, к которой был пристроен балкон. Храм был украшен и со стороны улицы: стены покрыли сайдингом, покрасили крышу и купола, заменили ветхий забор, вымостили дорогу для крестного хода вокруг храма.
Приход окормляет Архангельское областное специализированное учреждение «Северодвинский социально-реабилитационный центр для несовершеннолетних «Солнышко». На дневном отделении центра проводятся еженедельные беседы «Православный букварь», группа детей стационарного отделения еженедельно приезжает в храм, где проводится воцерквление детей.
При Никольском приходе действует детская воскресная школа и ведётся активная социальная и миссионерская работа.
К храму приписана расположенная в сквере за зданием мэрии часовня, освященная в 2006 году во имя святого благоверного князя Александра Невского.
