Первое упоминание о Баках относится к 1617 году. Согласно теориям краеведа Н.Г. Тумакова, в 1636 году в Баках строится первая деревянная церковь, которая освящается в честь Николая Чудотворца. С этого момента Баки становятся селом с двойным названием Баки-Никольское. По материалам другого краеведа М.А. Балдина, первая церковь в Баках была построена еще до 1628 года.
В «Кратких статистических сведениях о приходских церквах Костромской Епархии за 1911 год» дано описание Баковской церкви, «построена в 1818 году вместо сгоревшей деревянной тщанием прихожан и благотворителей. Ограда каменная с деревянною решеткой. При церкви устроены каменные и деревянные лавки, которые сдаются в аренду. По углам ограды каменные башни.
Престолов три. Во имя Всемилостивого Спаса. В честь Покрова Пресвятой Богородицы. Во имя Святителя Николая Чудотворца.
Многочтимая святыня церкви, икона Святителя Николая. В храме служат 3 священника, 3 псаломщика, дьякон.
По роду занятий приход сельскохозяйственный, оседлый. Прихожан: 3761 мужского пола и 3950 женского пола В приходе есть раскольники-беспоповцы и баптисты. Приходских селений 30».
По данным Костромского архива, в 1917 году в Баковской церкви служили священники: Александровский, Николаевский, Волчков.
Последним священником села Баки был Смирнов Александр Павлович. Он был расстрелян в 1937 году.
Церковь была закрыта в 30-е годы прошлого века. Церковные колокола сняли и отправили на переплавку. Разрушили купол и верх колокольни. Кладбище, которое располагалось возле церкви, где хоронили людей из зажиточных семей, сравняли с землей. Часть надгробий вывезли к Ветлуге.
Руины храма окончательно были разобраны в конце 50-х — начале 60-х годов прошлого века.
В 1965 году на месте храма построили кинотеатр «Чайка».
В 1994 здание кинотеатра передано общине верующих и переоборудовано в храм, теперь освященный как Покровский.