История Свято-Стефановского храма берет свое начало с XIV века, когда на месте языческого капища в селении Пырас проповедник Стефан Пермский выстроил православную деревянную часовню. С увеличением числа поселян маловместимую часовню разобрали, и на ее месте возвели деревянную церковь. В ней устроили два престола. Один — во имя святителя Николая Чудотворца, а второй — во имя архидиакона Стефана. Храм именовали Святониколаевским.
Предание гласит, что в середине XVII века рядом со Святонико¬лаевской церковью прихожане обнаружили чудотворную икону Владимирской Божьей Матери. На месте находки поставили дере¬вянную шатровую церковь во имя явленного образа, а прирубленный к церкви придел освятили во имя Святого Стефана Великопермского. Образовав¬шийся приход получил название Котласского Стефановского.
3 августа 1776 года после вечернего богослужения во время грозы церковь загорелась от попадания молнии. Из горящего помещения удалось вы¬нести только часть икон, в том числе и явленную икону Владимирской Божьей Матери.
В 1785 году было закончено строительство каменного храма в честь Владимирской иконы Божией Матери с Никольским приделом и имя Святого Первомученика и архидиакона Стефана, а ветхий Стефанониколаевский храм был разобран.
В 1825 году на месте разобранного Свято-Николаевского храма прихожане под руководст¬вом местного крестьянина Льва Трофимовича Беляева начали строить каменную холодную цер¬ковь, «оканчившуюся кверху колокольней». Её освятили 8 декабря 1829 года во имя святителя Стефана епископа Пермского.
5 сентября 1920 года Котласский совет заключил с общиной верующих договор, на основании которого общине от государства передавались по описи церковное имущество и утварь. В июне 1928 года были попытки разобрать ограду на кирпич, а в начале 1931 года горисполком обратился к общине верующих с требованием освободить один из действующих храмов и три угловых флигеля в ограде. В период 1932-1937 гг. в храмах разместили мельницу и маслозавод, священников выслали, а дьякона Ивана Трубачева расстреляли.
После войны во время непродолжительной оттепели храм вернули верующим, и 14 сентября 1947 на должность настоятеля Котласского Стефановского прихода епископ Архангельский и Холмогорский Леонтий назначил священника Владимира Жохова. В 1948 году из закрытой Вондокурской церкви в Свято-Стефановский храм был привезен иконостас, так как собственный иконостас был уничтожен еще в 1931 году.
На сегодняшний день на территории Свято-Стефановского храма активно ведутся ремонтно-реставрационные работы. По благословению епископа Котласского и Вельского Василия в нижнем храме в честь святителя Николая Чудотворца совершен капитальный ремонт. Также проходят реставрационные работы у храма-колокольни в честь святителя Стефана Пермского.
