Храм преподобного Сергия Радонежского на станции Исакогорка был открыт, в основном, для железнодорожников узла. Еще в 1895 году вскоре после начала строительства железной дороги здесь уже функционировала церковь на колесах.
Через несколько лет после сдачи дороги в эксплуатацию было начато строительство деревянной церкви. Для ее постройки жители Исакогорки выбрали высокое, сухое место, именуемое в народе» кулебякой», и в один год храм был возведен. В 1902 году тишину таежных лесов и болот нарушил малиновый звон колоколов нового храма, названного в честь преподобного Сергия Радонежского чудотворца.
Церковь привлекала внимание красотой внешнего вида: высокая звонница, необычная в несколько уровней крыша, большие окна с разноцветными стеклами, большие цветные кресты в стенах. По обе стороны дороги, ведущей к церкви, были высажены березки. Здесь всегда было многолюдно: храм посещали не только железнодорожники, но и крестьяне окрестных деревень Заручье, Исакова гора, Валдушки, Лахта, Холм.
В 1924 году церковь была закрыта, и в ней разместился спортзал, а затем школьные мастерские. В 1930 году здесь открыли магазин, который верующие в знак протеста осквернения храма длительное время не посещали. И лишь спустя почти 70 лет он был восстановлен усилиями верующих людей и священника отца Василия Гангура, который и стал первым настоятелем храма. Но воссоздавать прежний внешний вид и внутреннее убранство церкви было невозможно, хотя удалось главное — прихожане обрели возможность молиться в храме.
7 августа 1994 года настоятель кафедрального собора протоирей Владимир Кузив освятил кресты храма, а первая литургия состоялась 15 октября 1995 года.
