Село Милино входило во владения князя Дмитрия Пожарского, освободителя земли русской от литовско-польских захватчиков. Церковь была начата строится им еще при жизни. Однако, введена в эксплуатацию уже после его смерти. Первоначально церковь была построена двухпрестольной, с придельным престолом в честь Архангела Михаила, который, в частности, был изображен на ополченском знамени князя Пожарского, с которым он освобождал Москву в 1612 году.
После запрещения Никоновским церковным собором 1653 года постройки шатровых церквей стремление возводить высокие сооружения, такие, чтобы они возвышались над рядовой застройкой, выделяясь необычностью, далекой от утилитарных практических нужд, и оставались как память своего времени, нашло выражение в образе ярусных церквей. Их стали строить в большом количестве с конца XVII века и особенно замечательные по красоте памятники этого рода, сооруженные из кирпича и камня, сохранились в подмосковных селах.
В построенной через сто лет после них Милинской церкви можно видеть устойчивость древних традиций, в эти годы в столицах полностью господствовал классицизм. Храм в Милине срублен из двух восьмериков на четверике с двумя невысокими прирубами — алтарем и трапезной, составляющих единый объем. Впоследствии, ближе к середине XIX века, желание придать большую значительность скромной сельской церквушке заставило изменить композицию сооружения. Трапезная была расширена, а с запада встала колокольня. Своей большой массой и грубым силуэтом она зрительно придавила саму церковь, которая стала смотреться как бы придатком к высокой четырехъярусной башне колокольни. По-видимому, тогда же в соответствии с изменившимися вкусами официальных церковных властей здание было обшито досками, снабжено колоннами, пилястрами и карнизами в классическом духе, кровли покрыли железом. Все это лишило деревянную церковь присущей ей изначально теплоты и лиричности.
