Храм стоит в чистом поле, на некотором удалении от жилых домов, на месте старого погоста, от которого не осталось и следа. Церковь построена в 1665 году и представляет собой наиболее распространенный тип деревянного зодчества — «восьмерик на четверике». С западной стороны к четверику храма примыкает построенная позже трапезная. Это прямоугольный сруб, крытый на два ската. Трапезная позволяла расширить помещение при большом стечении народа, была также местом обсуждения сельских дел и праздничных угощений. В трапезной нередко отправлялась и служба. Для этого в ней устраивался небольшой алтарь с иконостасом – придел. Такой придел был и в трапезной церкви Иоанна Златоуста – по южному скату кровли возвышается главка, обозначающая второй престол церкви. Рядом с храмом возвышается шестигранная колокольня с шатровым завершением XVIII в.
Вход осуществляется через небольшой притвор, из которого низкая дверь ведет в просторное помещение трапезной. Потолочные доски лежат на мощном поперечном брусе – матице, а сама матица поддерживается двумя толстенными столбами. Столбы резные – в виде трех поставленных друг на друга дынек, разделенных поясками в виде жгута.
Внутри храма переход конструкции от четверика к восьмерику и к шатру скрывает расписной потолок, сохранившийся едва ли не лучше, чем в любой другой деревянной церкви Каргополья. Также сохранились два резных опорных столба, а от иконостаса уцелели лишь фрагменты.
«Небо» (или «небеса») — конструкция потолочного перекрытия в форме пологой усечённой пирамиды, характерная для деревянной архитектуры храмов Русского Севера. В центральном кольце, как правило, изображён Христос, составные доски-сектора представляют собой иконы ангелов или святых.
Церковь Иоанна Златоуста в настоящее время не действует и числится как исторический объект в ведомстве Каргопольского историко-архитектурного музея. Чтобы посетить церковь, необходимо прежде обратиться в музей и договориться с ключницей о времени. Также можно заказать экскурсию.
