История Донской церкви тесно связана с историей Астраханского Казачьего войска и Казачебугоринской станицы. В Астрахани донские казаки появляются в 1737 году. Тогда они были поселены здесь в самом городе, в своих домах и составили так называемую трёхсотенную команду. В 1748 году, когда город был перенаселён, по новому плану казачьи дома были снесены, а сами казаки выведены за город, в особо отведённые для их поселения места, на бугре, за речкою Луковкою. Здесь они основали станицу, называемую ими первоначально Донской, а позже названную Казачебугоринскою. Окончательной датой основания этой станицы называют 1750 год, когда завершилось сюда переселение казаков. Жившие в этой станице казаки исполняли обязанности почтарей, и возили почту из Астрахани в Царицын, а также доставляли царские указы в Кабарду и Черкесск, Северный Кавказ. В 1750 году трёхсотенная команда была увеличена и переименована в Астраханский Казачий полк. На основе этого полка, а также казаков, расселённых по отдельным станицам, по берегу Волги, от Саратова до Астрахани, в 1804 году было образовано Астраханское Казачье войско.
Первоначально жители Казачебугоринской станицы были приписаны к Покрово-Болдинскому монастырю, расположенному рядом с нею, немного южнее, на противоположном берегу реки Казачий Ерик. Но желание казаков иметь свой собственный храм заставило их позаботиться о его построении. Уже в 1757 году полковник Чембарского Астраханского Казачьего полка Андрей Слободчиков ходатайствовал перед епархиальным начальством «об освящёнии вновь построенной, на отведённом месте, отстоящем от Астрахани в 2 верстах 450 саженях за рекою Луковкою, против казённого архиерейского сада и церкви Покрова Богородицы, деревянной церкви во имя Донской Богородицы, разрешённой к постройке 28 февраля 1757 года». Освящена Донская церковь была 19 августа 1757 года. О наименовании храма в честь Донской иконы Божией Матери можно говорить с уверенностью, что названа она была так в честь древнего и чтимого списка с этого чудотворного образа, который донские казаки как полковой образ привезли с собою с Дона в Астрахань.
Из святынь храма главной святынею являлась уже упоминаемая Донская икона Божией Матери, стоявшая в центральном иконостасе с левой стороны от царских врат. 19 августа, в престольный праздник, ежегодно было огромное стечение народа. Все молящиеся считали священным долгом отслужить перед этой иконой молебен Царице Небесной, Донской Божией Матери.
Рядом с храмом находилось местное церковное кладбище. Здесь по правую сторону от алтаря храма, в родовом склепе, был похоронен благотворитель и почётный гражданин г. Астрахани М.М. Башкин. Также на кладбище находился гранитный памятник над могилою наказного атамана Астраханского Казачьего войска генерал-майора барона Ивана Ивановича Ливенштерна.
Со старых времён в Донской церкви был заведён обычай совершать крестный ход вокруг всей станицы на второй день Святой Пасхи. Обычай этот, обходить с иконами вокруг всей станицы, был перенят от находившегося поблизости Покрово-Болдинского монастыря, где тоже с артосом и иконами обходили вокруг стен обители только в первое воскресение после Пасхи.
После революционных событий 1917 года Донская церковь, несмотря на все попытки обновленцев захватить её, оставалась за православной общиной верующих. Здесь долгое время служили священники о. Григорий Таптыков и о. Григорий Иванов. Когда начались повальные аресты духовенства в 1937-1938 годах, о. Григорий Иванов ушёл на покой и стал работать маляром где-то в гражданской организации. Отец Григорий Таптыков остался при храме, продолжая служить, несмотря на угрозу ареста и на непосильный налог. Поэтому местные власти никак не могли найти предлог, чтобы подобраться к храму и закрыть его. Лишь после смерти священника, последовавшей в 1939 году, власти закрыли храм и обратили его в слесарную мастерскую. А вскоре после этого Донская церковь и вообще была снесена.
