Кроме Духосошественской церкви, на православном кладбище находилось ещё три приписных к ней храма. Первым из них храм в честь Преподобного Афанасия Афонского, находившийся в самой западной части кладбища. Первоначально этот храм был монастырским и его история долгое время была связана со Спасо-Преображенскою обителью. В 1653 году царём Алексеем Михайловичем был пожалован Спасо-Преображенскому монастырю учуг Чурка. Здесь иноками была выстроена деревянная церковь в честь Николая Чудотворца, служившая духовным утешением для живших тут монахов и работных людей. В 1744 году вместо этой деревянной церкви архимандритом монастыря Мефодием была выстроена каменная, освящённая в то же имя Святителя Николая Чудотворца. Старая деревянная церковь старанием архимандрита была перенесена на Кулаковский бугор, где находился монастырский огород, и освящена в честь Преподобного Афанасия Афонского. Этот святой, живший в IX–X веках и подвизавшийся в иноческих подвигах на Святой горе Афон, с древних времён считался покровителем монашества.
Внутри храма находился четырёхъярусный иконостас довольно искусной работы, с резными деревянными позлащёнными фигурками и рамами для икон, устроенный в 1892 году на средства купца Д.И. Артемьева. Боковые придельные алтари украшали одноярусные резные иконостасы, вызолоченные на полимент. Иконостас правого придела был устроен на средства купца В.И. Смирнова в 1882 году. Храм внутри был расписан в 1847 году при архимандрите Спасского монастыря Вассиане. В 1892 году роспись была обновлена. При храме Преподобного Афанасия Афонского было немало захоронений как монашествующих, так и астраханских жителей. Из наиболее известных можно назвать погребённого здесь у левого клироса храма астраханского блаженного Петра Андреевича Сазонова, скончавшегося в первой половине XIX века.
В 1923 году Духосошественский храм был захвачен обновленцами, другие два кладбищенских храма стояли запечатаны, так что церковь Афанасия Афонского оставалась единственным православным храмом на кладбище. К тому же с захватом обновленцами близлежащих приходских Михаило-Архангельского и Введенского храмов прихожане этих храмов вынуждены были перейти в Афонскую церковь, которая стала играть роль приходской.
В 1932 году церковь Афанасия Афонского была закрыта и вскоре снесена. Долгое время напоминанием о ней был трёхэтажный каменный церковный дом, когда-то служивший жилищем для священнослужителей этого храма. В 70-х годах ХХ века западная часть старого кладбища, где когда-то стоял Афонский храм, была снесена вместе с бывшим церковным домом. На сохранившуюся часть кладбища были перенесены останки некоторых священнослужителей, некогда похороненных около церкви Афанасия Афонского, остальные захоронения были уничтожены. На месте кладбища построили гаражи для работников обкома партии, сохранившиеся до нашего времени.
