В середине XVIII века в юго-западной части Земляного города, на так называемом Киселевском бугре, возникла слобода из новопоселенцев. Слобода получила название Безродной, так как большую часть её жителей составляли беглые крестьяне. Они были прихожанами Петропавловской церкви, находившейся у Адмиралтейства. В 1744 году началось создание канала, который отделил Безродную слободу от приходского храма. В 1763 году жители Безродной слободы, в которой в то время находилось почти триста дворов, попросили у астраханского епископа Мефодия разрешения перенести к ним находившуюся при Крестовоздвиженском храме бесхозную деревянную церковь в честь Святителя Иоанна Златоуста. Получив благословение, в 1763 году церковь была перенесена в слободу и поставлена в центре Киселёвского бугра, с учреждением здесь прихода. Деревянная церковь Иоанна Златоуста была очень мала и ветха. И по этой причине её священнослужители, вместе с церковным старостою Даниилом Ивановичем Плотниковым, испросили в Духовной Консистории сборную книгу на постройку нового храма, по которой было собрано пожертвований почти на 10 тыс. рублей. Церковный причт договорился с титулярным советником Николаем Михайловичем Ладыженским о выделке на его кирпичном заводе до ста тысяч штук кирпича. Строительство храма продолжалось с 1823 года по 1826 год. Внутренняя отделка храма была готова к октябрю 1826 года, и 10 октября храм был освящён Астраханским архиепископом Павлом Суботовским. Большой вклад в строительство храма внес благотворитель Иван Петрович Шарыгин. Новая каменная церковь была выстроена в одной связи с высокой двухъярусной колокольней и каменной трапезой. Интересен тот факт, что колокола Иоанно-Златоустовской церкви были настроены по камертону.
Современный период 25 августа 2001 года состоялось торжественное освящение закладки первого камня в основание новой колокольни, которая была закончена уже в 2002 году. Колокольня выстроена в точном соответствии со старыми формами, в строго классическом стиле и придала церкви гармоничный вид. Храм построен в классическом стиле, венчается мощным шлемообразным куполом на восьмиграннике, водруженном на четырёх стенах «восьмерик на четверике», получившим широкое распространение в средней полосе России. Во второй половине XIX века белые фасады переделывали, и именно тогда на них появились интересные барельефы с изображениями святых, схожие с евангельскими картинами Николая Николаевича Ге, одного из крупнейших русских живописцов. Они были восстановлены в 1956 году и сейчас гармонично вписываются во внешний облик церкви. Над входом в церковь помещена лепная фигура святителя Иоанна Златоуста, на западном фасаде колокольни запечатлены фигурки ангелов, склонённые в скорби, которые отражают восприятие русской художественной интеллигенцией второй половины XIX века образа и учения спасителя. Неизбежность и необходимость страданий, терпения, всепобеждающая сила подвижничества выражены на барельефных композициях Златоустовской церкви. Внешний вид храма сейчас почти не отличается от дореволюционного.
