Колокольня была воздвигнута в начале XX века на приобретённом у города участке земли. В марте 1906 года игуменья Зинаида просила разрешение астраханского епископа Георгия Орлова на строительство новой колокольни по выбранному плану. Предварительный подсчёт материала и работ указывал на сумму в 20 тыс. рублей, из которых 15 тыс. выделил монастырь, а 5 тыс. надеялись собрать с благотворителей. Постройка была разрешена, и с весны 1905 года началось возведение колокольни. Строительство шло успешно и закончилось в сентябре 1907 года. Окончательный подсчёт израсходованных сумм показал, что колокольня обошлась гораздо дороже, чем предполагали. Это произошло вследствии того, что благотворители монастыря, в особенности известный астраханский купец С.В. Носков не скупились на пожертвования, отчего появилась возможность строительства в больших масштабах. С установлением Советской власти в Астрахани монастырь был упразднен, а величественная монастырская колокольня снесена в 1930 году.
В 2010 году в рамках второго этапа восстановления Благовещенского монастыря начались работы по воссозданию колокольни, работы велись три года, а их стоимость составила более 250 миллионов рублей. Средства выделялись Министерством культуры России по подпрограмме «Русская православная церковь» федеральной целевой программы «Культура России». Был восстановлен фундамент, отреставрирована и восстановлена кирпичная кладка первого яруса колокольни, воссоздан второй и третий ярус. Колокольня выстраивалась заново по старым чертежам и фотографиям, воссоздавались все узоры и декоративные детали кирпичной кладки. Состоявшееся в декабре 2012 года освящение и водружение креста ознаменовало окончание работ. Колокольня предстала в своем первозданном виде. Воссоздание утраченной звонницы планируется начать в 2013 году.
Колокольня построена в изящном древнерусском стиле, имеет три яруса над святыми вратами, вход в обитель с западной стороны. Высота колокольни более 60 м. В основании колокольни лежит прямоугольник «святых врат», далее идет первый мощный шестигранный ярус, с шестью малыми прямоугольными окошками в нижней его части и шестью круглыми в верхней. Второй и третий ярусы имеют более ажурные воздушные формы с шестью большими окнами для звона каждый. Венчает колокольню венцеобразный купол с позолоченными яблоком и восьмиконечным крестом. У основания главы колокольни на поясе выведена церковнославянскими золотыми буквами надпись, «Благословен грядый во имя Господне». Над входом в обитель также воссоздана, сделанная полукругом надпись, «Радуйся Благодатная, Господь с Тобою». В свое время самый большой колокол утраченной звонницы колокольни весил около 7 тонн и обладал приятным и довольно сильным звуком. На верхней его части была сделана надпись, «Благовествуй земле радость велию», а на нижней, «В царствование императора Николая Александровича сооружён в женский Благовещенский монастырь в Астрахани при игумении Зинаиде, попечителе Стефании и монахине Платониде».
