Благовещенский женский монастырь был основан в начале XVII века, первое упоминание в 1614 году и находился где-то на территории Белого города. По упразднении в 1706 году Вознесенского мужского монастыря, обитель была перенесена на его территорию, где к этому времени уже имелся каменный соборный Благовещенский храм, освящённый в 1699 году. В начале XVII века к храму был пристроен придел в честь Мученицы Параскевы Пятницы. В 1722 году на территорию обители был перенесена из Кремля древняя деревянная домовая воеводская церковь в честь Апостола Иоанна Богослова. В перенесенном храме был устроен придел в честь чтимой иконы Божией Матери «Живоносный источник». Позднее церковь была перестроена в камне на средства епископа Мефодия и освящена 19 марта 1765 года. Во второй половине XIX века в связи с крайней ветхостью, церковь, по благословению Астраханского архиепископа Афанасия Дроздова, была значительно перестроена и вновь освящена 30 октября 1865 года. Для иконы Божией Матери «Живоносный источник» была сооружена отдельная часовня, куда и был поставлен чудотворный образ.
В 1778 году игуменьей Маргаритой была устроена небольшая каменная часовня в юго-восточном углу монастыря. В этой часовне была поставлена очень почитавшаяся астраханцами хранившаяся в обители икона Святителя Николая Чудотворца. К концу XIX века эта часовня пришла в крайнюю ветхость и в состояние, близкое к разрушению. В 1900 году по благословению игуменьи Зинаиды часовню разобрали, и в конце марта 1901 года началось строительство новой часовни. Освящена она была в феврале 1901 года.
На приобретённом у города участке земли в начале 20 столетия была воздвигнута новая монастырская колокольня. Строительство закончилось в сентябре 1907 года.
Притеснения монастыря начались в конце 1918 года. Окончательно обитель была закрыта в 1922 году. В 1929 году было продано под слом, на кирпич, здание Иоанно-Богословской церкви, вместе с которой была разобрана и часовня «Живоносный источник». А 22 апреля 1930 года было принято решение о продаже под снос здания Благовещенского собора. Тогда же была сломана и величественная монастырская колокольня.
Со временем, в 1949 году, большая часть монастыря была передана Астраханскому облвоенкомату, который до сих пор в них и располагается. В части одноэтажных деревянных келий, располагавшихся в северной и восточной части обители, сейчас находится частный жилой фонд. Под квартирой долгое время находилась и сохранившаяся часовня Святителя Николая. Сохранилась и большая часть монастырской стены, хотя состояние её оставляет желать лучшего. У стен монастыря по улице Калинина установлен поклонный крест в честь преподобных Мефодия и Кирилла.
