Женская обитель на месте Благовещенского монастыря в Астрахани возникла здесь больше трёх столетий назад. До неё на этом месте располагался древний Вознесенский мужской монастырь, первая церковная постройка вне границ Астраханского кремля и Белого города. Монастырь был очень беден, постройки были в основном деревянные. Каменную церковь пытались построить с начала XVII века. Но освятили ее только в 1699 году, больше чем через полвека после закладки первого камня.
Вознесенский монастырь упразднили в 1706 году. В опустевшее помещение перевели женскую обитель, а сам монастырь стал называться Благовещенским. Если опираться на сохранившиеся свидетельства, то монахини раньше жили в Астраханском женском монастыре, упоминания о котором есть и в 1614 и 1619 годах. Предположительно, сестры этого храма вместе с монахинями Пятницкого монастыря как раз и переселились в упраздненный Вознесенский монастырь. Этим можно объяснить пристройку к соборной монастырской Благовещенской церкви придела в честь Мученицы Параскевы Пятницы.
С 1848 по 1851 годах отремонтировали несколько монастырских зданий и часть обвалившейся северной стены. Старинные стены ремонтировали несколько раз, но надлежащий вид они обрели только к началу следующего века. В это же время было решено полностью перестроить в Астрахани обветшавший Иоанно-Богословский храм, не сохраняя первоначальный интерьер. В октябре 1865 года освятили обновленную церковь.
В 1894 году в Благовещенском монастыре в Астрахани был пожар. Огонь полностью уничтожил сдаваемые в аренду два деревянных корпуса, каретник и конюшню, здание церковно-приходской школы, трапезную для монахинь, каменную кухню с кладовыми и дровяными амбарами, а также каменный флигель настоятельницы монастыря.
Следующие годы ушли на ликвидацию последствий и восстановление уничтоженных и пострадавших строений. Для настоятельницы Благовещенского монастыря в Астрахани в 1896 году построили новый одноэтажный дом. В тот же год городское общество пожертвовало монастырю земельный участок, где через два года выстроили каменную церковно-приходскую школу. В течение следующих десяти лет восстановили и остальные сгоревшие постройки.
В 1900–1901 годах в юго-восточном углу астраханского Благовещенского монастыря перестроили близкую к разрушению часовню Святителя Николая. В 1900 году часовня была полностью разобрана, а уже через год освятили новое здание.
В 1907 году в Благовещенском монастыре построили новую колокольню. Она была выполнена в древнерусском стиле, располагалась при входе с запада над святыми вратами, главным входом в Благовещенский монастырь Астрахани. Заканчивалась колокольня венцеобразным куполом с позолоченным яблоком и восьмиконечным крестом. Внутри Благовещенского храма в Астрахани как центральный, так и боковой придел украшали позолоченные резные иконостасы. Они были устроены в начале XVIII века и несколько раз подновлялись. В последний раз это произошло в 1908–1909 годах. Тогда из них убрали потускневшие старые иконы и заменили их новыми, лучшей работы. Тогда же обновлялась и роспись храма, которая была сделана в XVIII веке.
Благовещенский монастырь упразднили с приходом советской власти. Его помещения использовались в разное время как госпиталь, военная часть, детский дом. Когда в здании разместили детский дом №6 и учреждение для морально дефектных детей, из обители выселили всех монахинь, хотя монастырские храмы по-прежнему остались в их распоряжении.
Расположенные на территории Благовещенского монастыря храмы и величественную колокольню в 1930 году полностью разрушили. Некоторые деревянные кельи для своих нужд использовал частный жилой фонд. А в 1949 году большая часть монастыря отдали Астраханскому областному военкомату. В начале 1990-х годов часть северной стены обрушилась. Треть стены подняли. Работы по восстановлению облика астраханского Благовещенского монастыря начали в 2008 году. В первую очередь привели в порядок стены и башни, отремонтировали и открыли для прихожан часовню Святителя Николая. В 2014 году были проверены работы по сохранению ограды, ручная расчистка памятника от старой трудноудаляемой краски, плесени и грязи, промывка поверхности памятника, обработка и пропитка спец, составом, биоцидная обработка, реставрация поврежденных поверхностей кирпичной кладки, реставрация швов кирпичной кладки, перхлорвиниловая окраска поверхности памятника.
