В 1568 году нынешний Чуркинский остров был передан во владение Астраханскому Троицкому монастырю. По монастырскому преданию, первую церковь в середине XVI века здесь построил основатель Троицкого монастыря преподобный игумен Кирилл. Церковь была освящена в честь святителя Николая Чудотворца.
В XVII веке Чуркинский учуг перешёл во владение Астраханского Спасо-Преображенского монастыря. В 1670-х годах здесь появился новый необычный насельник. Как повествует монастырское предание, принимавший участие в казни священномученика Иосифа митрополита Астраханского, палач Ларька, жегший его на костре, неожиданно получил вразумление через болезнь, и, осознав, что наказан за грехи, удалился от всех сюда, в низовье Волги, выкопав себе пещеру на бугре, стоявшем близ учуга. Получив за то, что мучил привязанного к бревну, чурке, святителя, прозвание Чурки, этот бывший палач так и остался в памяти народной с этим именем. Подвизавшись многие годы в посте и молитве пещерник Чурка скончался здесь, и погребён был монахами. С этого времени вслед за ним и другие подвижники стали рыть пещеры в бугре. В начале XVIII века и саму Никольскую церковь перенесли на «Высокую гору», как в народе называли Чуркинский бугор, за его превосходство над всеми другими буграми в округе. Так за монастырём закрепилось название Чуркинского.
В 1919 году монастырь был закрыт. В 1930 году были снесены колокольня и собор, кирпич от которых возили в посёлок имени Володарского для строительства рыбокомбината. Сломали в то время и все здания скита, и большую часть зданий в монастыре. В бывшем монастыре впоследствии располагались то интернат, то санаторий, то туберкулёзная больница. Последней в оставшихся от монастыря помещениях находилась психбольница, которую закрыли в начале 1990-х годов.
Весной 2004 года началось возрождение монастыря. Чудо произошло в 2014 году, когда 22 июня замироточила первая икона, Святых Царственных Мучеников. «Слезы» пошли на образах царя Николая и царицы Александры. В день убиения святых ипатьевских мучеников замироточили и остальные образы этой иконы, которая была написана астраханским художником Владимиром Воронковым. Затем начали мироточить остальные иконы. В ноябре 2015-го капли появились на образах Василия Великого, Иоанна Златоуста и Григория Богослова. Всего на сегодняшний день в обители мироточат 65 икон.
